Tenttiwiki

MOLE-204 Proteiinit ja entsyymit

Tentti 2020, moodletentti, kurssijaettu kahteen osatenttiin

1. osatentti 18.11.2020 Moodle


1. Määrittele tai selitä
a.) beta-levy
b.) hapteeni
c.) peptidisidos

Mikä tai mitkä seuraavista proliinia koskevista väittämistä on/ovat oikein?
Valitse yksi:
a. proliinissa on viisi hiiliatomia, kolme happiatomia ja yksi kaksoissidos
b. proliinissa on neljä hiiliatomia, kolme happiatomia ja yksi kaksoisidos
c. proliinissa on kuusi hiiliatomia, kolme happiatomia ja yksi kaksoisidos
d. proliinissa on viisi hiiliatomia ja kaksi happiatomia
e. proliinissa on neljä hiiliatomia ja kaksi happiatomia
f. proliinissa on kuusi hiiliatomia ja kaksi happiatomia

3. Mikä on tripeptidin Ala-Lys-Val (AKV) nettovaraus…
a. pH:ssa 7
b. pH:ssa 2
c. pH:ssa 12

4. Selitä miten C-vitamiini liittyy kollageenin biosynteesiin

5. Kuva esittää aikuishemoglobiinin (pH:ssa 7.2 ja 7.4) ja sikiön hemoglobiinin (pH 7.4) happisaturaatiota (Q) hapen osapaineen funktiona. Mikä numero vastaa mitäkin tilannetta? Perustele vastauksesi.

6. Laske kuinka suuri osa glysiinin aminoryhmästä (Ka = 2.5 x 10-10) on protonoitunut liuoksessa joka sisältää 1.5 g glysiiniä litrassa ja jonka pH on 9.

7. Kuva esittää erään proteiinin vesiliukoisuutta pH:n funktiona. Selitä käyrän muoto. Mitä se kertoo proteiinin aminohappokoostumuksesta?

2. osatentti 16.12.2020

1. Määrittele tai selitä
a. siirtymätila b. nukleofiili c. katalyyttinen triadi

2. Laske
Hiilihappoanhydraasi (molekyylipaino 30000) katalysoi hiilidioksidin ja veden reaktion hiilihapoksi: H2O + CO2 ⇌ H2CO3. Optimiolosuhteissa 6 mikrog puhdasta entsyymiä muuttaa 0,18 grammaa hiilidioksidia hiilihapoksi minuutissa. Laske hiilihappoanhydraasin turnover-luku kcat (yksikkö: s-1 ). Atomimassoja: H: 1, He: 2; C: 12, N: 14, O: 16, F: 19, Na: 23, P: 31, S: 32, Au: 197.

3. Mihin entsyymiluokkiin kuuluvat reaktioita i-iv katalysoivat entsyymit
i. kuva hydrolaasista ii. kuva oksidoreduktaasista iii. kuva isomeraasista iv. kuva lyaasista

4. Mikä tai mitkä seuraavista kymotrypsiiniä koskevista väittämistä on/ovat oikein?
Kymotrypsiini…
• on aspartyyliproteaasi
• on hydrolaasi
• aktivoi inaktiivisen trypsinogeenin aktiiviseksi trypsiiniksi
• pilkkoo positiivisesti varautuneiden aminohappojen jälkeisiä peptidisidoksia
• fosforyloi seriini- ja treoniinisivuketjuja
• sisältää kovalenttisesti sitoutuneen hemiryhmän
• sisältää ei-kovalenttisesti sitoutuneen hemiryhmän
• käyttää kovalenttista katalyysiä

5. Laske
Michaelisin-Mentenin kinetiikkaa noudattavan entsyymin E Km = 40 μM (40 x 10-6 mol/l). Reaktion nopeus vo on 20 μmol/l/s, kun substraattipitoisuus on 20 mM ja entsyymin pitoisuus [E]tot on 1 nM. Miten nopeus vo muuttuu, jos
a. substraattipitoisuus kaksinkertaistuu ja entsyymipitoisuus säilyy samana?
b. substraattipitoisuus on 40 μM ja entsyymipitoisuus säilyy samana?
c. entsyymipitoisuus kaksinkertaistuu, mutta substraattipitoisuus säilyy samana (20 mM)?

6.Kuvaa kolme mekanismia, joilla yksittäisten entsyymimolekyylien aktiivisuutta voidaan säädellä. Anna jokaisesta esimerkki.

7. Kun substraattikonsentraatio on paljon korkeampi kuin Km, entsyymikatalyysin nopeus lähestyy…
- Vmax / 2
• kcat / Km
• kcat
• vo
• Km + [S]
• Kd
• Vmax
• ei mitään näistä

8. Laske
Alla kuvatun reaktion nopeusvakiot ovat k1 = 5 s-1 ja k-1 = 0,2 s-1 . Entsyymin E läsnäollessa k1 kasvaa arvoon 10 s-1 . Laske (a) reaktion tasapainovakio (suuntaan S → P) ja (b) ) k-1 entsyymin E läsnäollessa.

19.12.2019

VASTAA KAIKKIIN KYSYMYKSIIN / SVARA PÅ VARJE FRÅGA / ANSWER TO ALL QUESTIONS

1. Piirrä tripeptidin Ala-Lys-Val (AKM) pH:ssa 7. Mikä on sen nettovaraus?

2. A. Kuvaa lyhyesti Anfinsenin koe ja selitä miten se on lisännyt tietoamme proteiinien laskotumisesta?

B. Mihin entsyymiluokkiin kuuluvat reaktioita i-iii katalysoivat entsyymit / Ange vilken klass av enzym som katalyserar reaktionerna i-iii nedan / Which enzyme classes do the enzymes catalyzing the following reactions belong to

i. [reaktio isomeraasille]

ii.

iii. [reaktio hydrolaasille]

3. Proteiinien fosforylaatio / Proteinernas fosforylering / Protein phosphorylation

4. A. Laske nettosuunta, annettu nopeusvakiot ja konsentraatiot. B. Laske Vmax, annettu v ja konsentraatio.

20.12.2018

VASTAA KAIKKIIN KYSYMYKSIIN / SVARA PÅ VARJE FRÅGA / ANSWER TO ALL QUESTIONS

1. A. Piirrä ja nimeä kolme aminohappoa, joilla on hydrofiilinen, neutraali sivuketju B. Aminohapoilla Cys, Pro ja Gly on proteiinien laskostuneessa rakenteessa merkittäviä erityisominaisuuksia. Mitä nämä erityisominaisuudet ovat kullakin näistä aminohapoista ja minkälainen rakenteellinen tehtävä niillä usein on proteiineissa?

2. A. Selitä miten ja miksi proteiinin varaus muuttuu pH:n muuttuessa? / Förklara hur och varför proteinets laddning ändras med pH / Explain how and why the charge of a protein changes with pH

B. Mihin entsyymiluokkiin kuuluvat reaktioita i-iii katalysoivat entsyymit / Ange vilken klass av enzym som katalyserar reaktionerna i-iii nedan / Which enzyme classes do the enzymes catalyzing the following reactions belong to

i.

ii.

iii.

3. Proteiinien fosforylaatio / Proteinernas fosforylering / Protein phosphorylation

4. A. Kun substraattikonsentraatio on paljon korkeampi kuin Km, entsyymikatalyysin nopeus lähestyy…

i. Kd
ii. kcat
iii. Vmax
iv. vo
v. ei mitään näistä / inget av dessa / none of these

B.

Ylläolevan reaktion nopeusvakiot ovat k1 =2 x 106 s-1 ja k2 = 1 x 105 s-1. Mikä on reaktion netto- suunta, kun alussa konsentraatiot ovat [S] = 7 mM ja [P] = 100 μM?

529304 Proteiinit ja entsyymit

Tentti 10.5.2016

Ulkomuistista 1. a) Piirrä ja nimeä kolme aminohappoa joilla on emäksinen sivuketju

 b) Miksi proliini sopii huonosti alfa-helixiin?

2. 2,3-bisfosfoglyseraatin sitoutumisen vaikutukset hemoglobiiniin 3. Selitä proteiinin liukoisuutta kuvaava käyrä eli pH:ssa ja mitä käyrän perusteella voit sanoa proteiinin sivuketjuista 4. Laskutehtävä entsyymikinetiikasta

Tentti 17.12.2015

Vastaa kaikkiin kysymyksiin / Svara på alla frågor / Answer to all questions

1. Piirrä sellaisen tripeptidin rakenne, jossa on yksi aromaattinen ja yksi rikkiä sisältävä sivuketju ja jolla on positiivinen nettovaraus pH:ssa 7. Nimeä peptidin sisältämät aminohapot. /

2. Vertaile hapen sitoutumista myoglobiiniin, hemoglobiiniin ja vapaaseen hemiin

3. Määrittele tai kuvaa lyhyesti a) α-heeliksi b) induced fit c) tsymogeeni

4. Alla kuvatun reaktion nopeusvakiot ovat k1 = 5 s-1 ja k-1 = 0,2 s-1 . Entsyymin E läsnäollessa k1 kasvaa arvoon 10^4 s-1. Laske

(a) reaktion tasapainovakio (suuntaan S → P) (b) k-1 entsyymin E läsnäollessa

k1 S→← P k-1