Tenttiwiki

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
biokemian_perustyoet_1a [2014/08/08 03:43]
62.210.146.43 comment6, http://adullact.net/tracker/download.php/169/755/7506/2885/exercises-to-prevent-premature-ejaculation-herbal-remedy-for-premature-ejaculation-herbal-treatment-for-premature-ejaculation-home-remedies-to-last-longer-in-bed-how-2-last-longer-in-bed
biokemian_perustyoet_1a [2019/06/12 22:35] (current)
Line 1: Line 1:
 +======Biokemian perustyöt 1A======
 +
 +==== 4.4.2011 ====
 +
 +  - Sytokromityössä eristettiin sytokromi c:tä (Mw 11 kDa, pI 11) naudan sydämestä. Sydänlihaksen toinen punainen proteiini on myoglobiini (Mw 17 kDa, pI 6,9). Olettaen, että kaikki toimii odotusten mukaisesti, miten nämä proteiinit käyttäytyvät kationinvaihtohartsissa pH:ssa 8? Perustele vastauksesi. Tukevatko oman eristyksesi hartsivaiheessa tekemäsi näköhavainnot vastaustasi?​ Entä tukeeko alla oleva SDS-PAGE vastaustasi?​ (Alla kuva geelistä.)
 +  -  Piirrä entsymaattisen reaktion kuvaajat (Michaelis-Menten ja Lineweaver-Burk). Merkitse kuvaajiin Vmax ja Km, ja kerro sanallisesti mitä ne tarkoittavat. Selitä miten kompetitiivinen inhibiittori vaikuttaa Vmax ja Km-arvoihin.
 +  - Ohutkerroskromatografia piihappogeelilevyllä:​ Menetelmän periaate ja käytännön suoritus.
 +  - Vertailet kuvassa olevaa proteiinia Y (vieressä kuva) sekä PDZ-proteiinidomeenia SDS-PAGE-menetelmällä. Ajat kaksi geeliä, joihin molempiin tulee yllä mainittuja proteiineja sekä proteiinistandardi. Geelin 1 proteiininäytteet sisältävät merkaptoetanolia,​ geelin 2 näytteet eivät sisällä merkaptoetanolia. Geelit värjätään Coomassie Brilliant Blue:lla. Piirrä kuvat värjätyistä geeleistä ja merkitse niihin minkä kokoisia proteiinivyöhykkeitä havaitset. //
 +PDZ-proteiinidomeenin aminohapposekvenssi:​ KIMEI KLIKG PKGLG FSIAG GVGNQ NSIYV TKIIE GGAAH KDGKL QIGDK LLAVN SVGLE EVTHE EAVTA LKNTS DFVYL KVAKP TSMYI HHHHH//
 +Aminohapon keskimääräinen molekyylipaino:​ 110 Da
 +
 +==== 13.04.2010 ====
 +  - Kurssin aikana puhdistit fuusioproteiinin SAP97 PDZ2 (työ5) IMAC menetelmällä,​ joka on affiniteettikromatografian muoto
 +    - mistä sanoista lyhennelmä IMAC muodostuu?
 +    - mihin IMAC-menetelmä perustuu?
 +    - Käytettiinkö puhdistuksessa "​batch"​ menetelmää aj mitä se tarkoittaa?
 +    - Bonuskysymys:​ Mitä eluutiomuotoa työssä käytettiin?​ Vaihtoehdot:​ gradientti, isokraattinen ja "​stepwise"​
 +  - Piirrä entsymaattisen reaktion kuvaajat (Michaelis-menten ja Lineweaver-Burk). merkitse kuvaajiin V<​sub>​max</​sub>​ ja K<​sub>​M</​sub>​ ja kerro sanallisesti mitä ne tarkoittavat. Selitä miten kompetitiivinen inhibiittori vaikuttaa V<​sub>​max</​sub>​ - ja K<​sub>​M</​sub>​ -arvoihin
 +  - Pyöröhaihdutin:​ rakenne, toiminta ja käyttö.
 +
 +==== 31.03.2010 ====
 +  - Kurssin aikana olet tutustunut SDS-PAGE-menetelmään. Ennen kuin pipetoit proteiininäytteesi geelille analyysiä varten, lisäät näytteeseen näytepuskuria ja kuumennat näytettä +95 C:ssa. Näytepuskuri sisältää natriumdodekyylisulfaattia,​ bromifenolisinistä,​ glyserolia ja merkaptoetanolia. Mikä tehtävä näytepuskurin eri komponenteilla on?  Mitä tapahtuu näytteelle kuumennettaessa?​ Mitä tarkoittaa lyhene SDS-PAGE?
 +  - Olet käyttänyt geelisuodatus-,​ affiniteetti- ja ionivaihtokromatografiaa kurssilla. Missä yhteydessä ja tehdäksesi mitä? Mihin perustuu näiden kolmen kromatografian proteiinierotuskyky?​
 +  - 
 +    - Kloroformi: kloroformin rakenne ja lipidityössä relevantit fysikaaliset ja kemialliset ominaisuudet. Työturvallisuus kloroformin kanssa työskenneltäessä.
 +    - Kolesteroli:​ kolesterolin rakenne ja lipidityössä relevantit fysikaaliset ja kemialliset ominaisuudet. Kolesterolin käyttäminen Florisil-kromatografiassa
 +  - Miten määrität kokeellisesti entsyymireaktion maksiminopeuden (V<​sub>​max</​sub>​) ja Michaelis-Menten vakion (K<​sub>​M</​sub>​)
 +
 +==== 5.4.2006 ====
 +
 +  - GPA immunoprecipitation:​
 +    - How do you guarantee the specificity of immunoprecipitation in work 2a?
 +    - Why were cell surfaces labelled with biotin?
 +  -  ​
 +    - What is the basis of lipid separation in thin layer chromatography?​
 +    - Define Rf value and describe how it is used
 +  - Explain in detail
 +    - Km
 +    - Ki
 +    - Competitive inhibitor
 +  - To get a protein separated from the other proteins of the sample, the purification protocol typically makes use of any characteristic and special properties of the protein of interest. Which properties of cytochrome C did you utilize, and how, during its purification?​
 + 
 +
 +
 +
 +
 +==== 20.4.2005 ====
 +
 +  - Selitä lyhyesti seuraavien menetelmien periaate ja käyttötarkoitus: ​
 +    - geelisuodatus
 +    - ioninvaihtokromatografia
 +    - dialyysi ​
 +  - Immunopresipitaation periaate. ​
 +  - 
 +    - Mitä tarkoitetaan absorptio ja mihin spektrin antamaa informaatiota voidaan käyttää sytokromi c:tä puhdistettaessa? ​
 +    - Miten ja miksi teet sytokromi c:tä karakterisoitaessa puhtausmittauksen? ​
 +  - Mitä seuraavat käsitteet tarkoittavat? ​
 +    - Vmax 
 +    - Km
 +    - Ki 
 +  ​
 +
 +
 +
 +==== 18.12.2003 ====
 +
 +Vastaa kaikkiin kysymyksiin. Kukin vastaus omalle paperille!
 +  - Mikä on 
 +    - Kompetitiivinen inhibiittori ​
 +    - Ki
 +  - 
 +    - Selitä ioninvaihdon periaate? ​
 +    - Mikä merkitys CM-selluloosakromatografialla on sytokromi c:n eristyksessä?​
 +  - 
 +    - Mitä varten Florisil pitää "​aktivoida"​ lämpökaapissa ennen käyttöä lipidien eristyksessä? ​
 +    - Miksi lipidinäytteet asetyloidaan työn yhteydessä? ​
 +    - Tulkitse allaoleva hypoteettinen TLC-tulos Rf-arvojen avulla (eli vertaa standardi- ja tuntemattomien näytteiden Rf -arvoja) ja tunnista näytteet. {{http://​etax.org.helsinki.fi/​varasto/​Wikiin%20linkatut%20kuvat/​1A_18.12_TLC.jpg}}
 +  - Kurssin harjoitustyössä immunopresipitoitiin Triton X-100:lla (Tx-100) käsitellyistä punasolukalvoista glykoforiini A:ta (GPA) käyttämällä GPA-antiseerumia. Liuoksessa muodostuneet immuunikompleksit säestettiin Sepharose-helmillä,​ joihin oli kiinnitetty proteiini A:ta (PAS-helmet). Kontrollisaostuksessa käytettiin GPA-antiseerumin sijasta preimmuuniseerumia. Kerro lyhyesti: ​
 +    - Missä tarkoituksessa membraanit käsiteltiin Tx-100:lla ennen presipitaatiota? ​
 +    - Mihin perustuu PAS-helmien käyttö immuunikompleksien saostuksessa? ​
 +    - Miten eroavat toisistaan GPA-antiseerumi ja preimmuuniseerumi?​
 +
 +
 +==== 19.5.2003 ====
 +
 +
 +1. Kurssin harjoitustyössä 2A leimasit punasoluja biotiinilla. Kerro lyhyesti:
 +a)   Mihin leimaus perustuu?
 +b)   ​Minkä vuoksi biotiini leimaa vain solukalvon proteiineja?​
 +c)   Mihin perustuu biotiinileiman havainnointi blottausfiltteriltä avidiini-peroksidaasin avulla?
 +2. Miten asetyloitujen lipidien deasetylaatio vaikuttaa niiden kulkeutumiseen ohutkerroskromatografiassa?​
 +3.  a) Mitä tarkoitetaan absorptiospektrillä ja mihin spektrin antamaa informaatiota voidaan käyttää puhdistettua sytokromi c:tä karakterisoitaessa?​
 +b) Miten ja miksi teet sytokromi c:tä karakterisoitaessa puhtausmittausmittauksen?​
 +4.  a) Miksi kinetiikatyössä reaktioseoksessa käytettiin 0,1 M sitraattipuskuria pH 4,8 eikä fosfaattipuskuria?​
 +b) Mitä tarkoittaa Ki
 +c) Selitä kompetitiivisen inhibiittorin vaikutus Km ja Vmax arvoihin.
 +
 +
 +==== 13.5.2003 ====
 +
 +  - Mitä tarkoittaa ja miten kokeellisesti määrität seuraavat käsitteet:
 +    * K(M)
 +    * V(max)
 +    * K(i)
 +  - Miksi lipidit asetyloidaan ja deasetyloidaan Florisil-kromatografian yhteydessä?​
 +  - Selitä pääpiirteittäin,​ miten glykoforiini A immunopresipitoidaan leimatuista punasolukalvoista kurssilla käytetyllä menetelmällä.
 +  - Sytokromi c:n eristyksessä teit kaksi ioninvaihtokromatografiaa. Selosta lyhyesti
 +    * mihin perustuu sytokromi c:n sitoutuminen käytettyihin ioninvaihtimiin
 +    * missä tarkoituksessa hartsia ja missä tarkoituksessa CM-selluloosaa käytettiin puhdistuksessa
 +
 +
 +==== 16.4.2003 ====
 +
 +  - Mitä tarkoittaa ja miten määrität seuraavat käsitteet: a) KM ,b)Vmax c)Kj
 +  - Miksi lipidit asetyloidaan ja deasetyloidaan Florisil-kromatografian yhteydessä?​
 +  - Selitä pääpiirteittäin,​ miten glykoforiini A immunopresipitoidaan leimatuista punasolukalvoista kurssilla käytetyllä menetelmällä.
 +  - Sytokromi c:n eristyksessä teit kaksi ioninvaihtokromatografiaa. Selosta lyhyesti a) mihin perustuu sytokromin c:n sitoutuminen käytettyihin ioninvaihtimiin ja b) missä tarkoituksessa hartsia ja missä tarkoituksessa CM-selluloosaa käytettiin puhdistuksessa.
 +
 +
 +==== 23.5.2002 ====
 +
 +  - Kromatofokusoinnin periaate?
 +  - Kurssin harjoitustyössä 2A leimasit punasoluja biotiinilla. Kerro lyhyesti:
 +    * Mihin leimaus perustuu?
 +    * Minkä vuoksi biotiini leimaa vain solukalvon proteiineja?​
 +    * Mihin perustuu biotiinileiman havainnointi blottausfiltteriltä avidiini-peroksidaasin avulla?
 +  - loninvaihtokromatografian teoria. Millaisen ioninvaihtajan ja eluutio-olosuhteet valitset proteiinille,​ jonka pI-8 ja joka on stabiili pH-alueella 5-10.
 +  - a) Miksi kinetiikkatyössä reaktioseoksessa käytettiin 0,1 M sitraattipuskuria pH 4,8 eikä fosfaattipuskuria?​
 +b) Mitä tarkoittaa Ki?
 +
 +
 +==== 29.4.2002 ====
 +
 +   ​- ​
 +    * Ammoniumsulfaattisaostuksen periaate.
 +    * Miksi sytokromityössä tarvitaan dialyysiä?
 +   - Mitä tarkoittavat Km, Ki ja Kcat?
 +   ​- ​
 +    * Miksi lipidityössä suoritetaan asetylaatioja deasetylaatio?​
 +    *  Kuinka nämä reaktiot käytännössä suoritetaan?​
 +   - Selitä immunopresipitaation periaate glykoforiini-A:​n eristyksessä?​
 +
 +
 +==== 29.5.2001 ====
 +
 +Vastaa lyhyesti ja ytimekkäästi!
 +
 +   - Miten valmistat 500 ml 100 mM Tris-HCl - 1 mM EDTA - puskurin, pH 8.0, kun lähtöaineena on Tris (MP=121.1), EDTA (MP=372) ja väkevä 36 % (w/w) suolahappo (MP=36.5), tiheys 1 l = 1.19 kg? pKa Tris:lle on 8,2.
 +   ​-  ​
 +      * Mikä on biotinyloinnin idea työssä 2a ja onko tämä leimaaminen spesifinen jollekin punasolun kalvoproteiinille?​ / Vad är iden med biotinyleringen i arbete 2a? Är biotinyleringen spesifik for något visst erytrocytmembranprotein?​
 +      * Piirä ja/tai selitä molekyylikompleksi,​ joka syntyy työ 2a:n immunopresipitaatiossa (siis lopullinen immunopresipitaatti). Mikä on immunosaostuksen idea; yleispätevästi,​ ei vain tässä työssä? / Beskriv ned bild och/eller i ord sammansättningen hos det proteinkomplex som bildas under immunpresipitationen i arb 2a (alltså det slutliga immunpresipitatet). Vad är iden med immunpresipitation,​ ALLMÄNT taget, INTE bara i arb. 2a?
 +   ​-  ​
 +      * Mitä tarkoitetaan absorptiospektrillä ja mihin spektrin antamaa informaatiota voidaan käyttää puhdistettua sytokromi c:tä karakterisoitaessa?​
 +      * Miten ja miksi teet sytokromi c:tä karakterisoitaessa puhtausmittauksen?​
 +   - Selitä seuraavat käsitteet?
 +      * V(max)
 +      * K(m)
 +      * K(i)  ​
 +
 +
 +==== 18.10.2000 ====
 +
 +Vastaa jokaiseen kysymykseen omalle paperilleen.
 +
 +   - Kuinka kilpaileva inhibiittori vaikuttaa entsymaattisen reaktion maksimaalliseen reaktionopeuteen (Vmax) ja Michaelis-Mentenin vakioon (Km). Perustele vastauksesi.
 +     * Selitä lyhyesti miten työssä 2A tunnistat spesifisesti glykoforiini A:n. Mainitse mitkä reagenssit ja vaiheet ovat spesifisiä,​ mitkä yleispäteviä. Kuvien/​vuokaavioiden käyttö suositeltava.
 +     * Miksi kaikki proteiinit liikuvat kohti samaa napaa (mitä napaa?) SDS-PAGE:​ssa ja kuinka ne asettuvat geeliin? (Kuva on aina hyvä).
 +   - Miksi proteiineja konsentroidaan lyofilisoimalla ja lipidejä rotavaporilla?​
 +   - Oheisessa kuvassa on esitetty sekä pelkistyneen että hapettuneen sytokromi c:n absorptiospektrit.
 +     * Selitä käsite absorptiospektri ja kerro niihin spektrin antamaa informaatiota voidaan käyttää puhdistettua sytckromi c:tä karakterisoitaessa?​
 +     * Laske sytokromi c-näytteen konsentraatio,​ käyttäen seuraavia arvoja, A550= 0,500 (absorbtiviteetti)550= 27,6 mM^-1cm^-1 kun tiedetään,​ että l ml:n kyvetissä on sytokromi c-näytettä 50 mikrolitraa ja loput vettä.
 +
 +
 +[[http://​customcollegeessays.com/​index.php|college essay]]