Tenttiwiki

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

bioinformatiikan_perusteiden_luennot_3_op [2019/06/12 22:35] (current)
Line 1: Line 1:
 +==== 19.02.2013 ====
 +Vastaa **__kaikkiin__** kysymyksiin
 +  - Fylogeneettisen puun aineistoista tehdään bootstrap-analyyis tilastollisen uskottavuuden testaamiseksi. Saatu puu näyttää erilaiselta kuin alkuperäinen. Kumpi puu on "​uskottavampi"?​
 +  - Sinulla on tiedossasi ihmisen YFG1 geenin DNA sekvenssi. Haluat löytää hiiren vastaavan, ortologisen geenin. kerro mitä ohjelmaa käytät ja mitä parametrejä sinun on muutettava ja miksi, jotta saat hakusi kokonaisajan ​ nopeutumaan.
 +  - Ohessa on 9 genetiikassa ja genomiikassa yleisesti käytettyä lyhennettä. Mistä termistä lyhyenn on muodostettu. Selitä lisäksi lyhyesti omin sanoin mitä termi tarkoittaa käytännössä.
 +    - LOD
 +    - CCDS
 +    - RNAseq
 +    - GWAS
 +    - NGS
 +    - IBD ja IBS
 +    - Hs.
 +    - IUPAC
 +  - Olet saanut tehtäväksesi paikantaa (mapata) geenialue ja mahdollisesti tunnistaa geeni, jossa oleva mutaatio/​polymorfia aiheuttaa ennen tunnistamattomattoman vakavan sairauden ja näyttää periytyvän tässä ihmisen sukupuussa (Kuva 1.) Kuvaa tutkimussuunnitelma metodien valinnasta datan analyysiin (max 1 sivu). Pelkkä listaus ei riitä. Neliöt ovat miehiä, ympyrät naisia. Siniset ovat sairaita ja valkoiset terveitä. Huomioi seuraavat:
 +    - minkälaisia menetelmiä on tarjolla tarvittavan datan tuottamiseen ja mikä on kunkin menetelmän tarkoitus
 +    - minkälaisia bioinformatiikan analyyejä pitäisi tehdä tautia aiheuttavan genomialueen/​genomialueiden/​geenien paikantamiseksi
 +    - miten tulkitsisit mahdollisa tuloksia
 +    - mistä saat tietoa paikantamasi alueen geeneistä
  
 +Kuva1.
 +
 +{{sukupuu_tentti.jpg|}}