Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- solu-_ja_molekyylibiologia_ii [2015/04/14 13:13]
128.214.173.46 [Solu- ja molekyylibiologia II]
+++ solu-_ja_molekyylibiologia_ii [2015/04/14 13:13] (current)
128.214.173.46 [Solu- ja molekyylibiologia I]
@@ Line 1: / Line 1: @@
+====== Solu- ja molekyylibiologia II ======
+======17.10.2014======
+Tentissä on 6 kysymystä. Vastaa jokaiseen kysymykseen erilliselle
+paperille.
+. Kollegasi haluaa kohdentaa vihreän fluoresoivan proteiinin (GFP:n) endoplasmakalvoston
+(ER:n) lumeniin. Hän päättää luoda muokatun version nimeltä GFP-ER, jossa hän lisää ERretentiosignaalin
+Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) GFP:n C-terminaaliseen päähän. Hän näkee, että
+GFP-ER ilmenee soluissa ja että se on neljä aminohappoa pidempi kuin muokkaamaton GFP.
+Tästä huolimatta, vaikka GFP-ER:ssä on KDEL-retentiosignaali, se paikantuu soluissa
+solulimaan aivan samoin kuin muokkaamaton GFP. Mitä kollegasi pitäisi tehdä saadakseen
+GFP-ER paikantumaan ER:n lumeniin? Perustele.
+. Rab7-GTP:aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini, joka GTP-muodossa ollessaan
+rekrytoi yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten
+endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, jos Rab7:lle spesifisen GTP:aasia
+aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta vähennetään hiljentämällä sen ilmentyminen
+RNA interferenssin avulla? Perustele vastauksesi.
+. Selosta
+(a) ATP-syntaasin mekanismi
+(b) miten ATP-syntaasi ja elektroninsiirtoketju reagoivat, jos ATP:n
+pitoisuus alenee esim. lihassupistuksen takia.
+. Tutkit solun pinnan reseptoriproteiinia. Tiedät että siinä on yksi transmembraaniheeliksi eli
+kalvon läpäisevä domeeni, ja että proteiinin N-terminus on solun ulkopuolla ja C-terminus
+sytoplasmassa. Reseptori otetaan endosytoosin kautta endosomien ulkokalvolle ja siitä
+edelleen multivesikulaarisiin kappaleisiin ja niiden sisemmille kalvoille eli niiden sisälle
+kuroutuviin vesikkeleihin. Missä reseptorinproteiinin N-terminus ja C-terminus sijaitsevat
+kussakin kolmessa vaiheessa (solukalvo, endosomia rajoittava kalvo, ja multivesikulaarisen
+kappaleen sisällä oleva vesikkeli)? Kerro sanallisesti ja esitä piirrosten avulla.
+. Kemikaali ID555 aiheuttaa sen, että M-Cdk-proteiinitaso soluissa pysyy korkeana. Kaksi
+erilaista mallia voi selittää miten ID555 toimii.
+Malli 1: ID555 aktivoi transkriptiotekijän joka stimuloi M-sykliiniä ja M-Cdk:ta
+koodaavia geenejä, joten ylimäärä M-Cdk-proteiinia tuotetaan.
+Malli 2: ID555 inhiboi Cdc20-APC/C –kompleksin aktiivisuutta. Normaalitilanteessa
+ko. kompleksi ohjaa M-Cdk:n tuhottavaksi.
+Ystäväsi työskentelee laboratoriossa ja tarjoutuu tutkimaan ID555-käsiteltyjä soluja.
+Hän havaitsee, että ID555-käsitellyt solut kokoavat mitoosisukkulan ja niiden kromosomit
+asettuvat metafaasilinjaan. Anafaasissa normaalisti nähtävä kromosomien erkaneminen ei
+kuitenkaan tapahdu. Kumpaa mallia suosit tämän kokeellisen tiedon pohjalta? Perustele
+kantasi.
+. E. coli -bakteeri on juuri uinut ravintorikkaalta alueelta myrkyllisiä raskasmetalleja
+sisältävälle alueelle. Kerro miten E. coli bakteeri muuttaa uintisuuntaansa. Perustele.
+==== 19.10.2012 ====
+**Kysymyksiä on yhteensä 6. Vastaa jokaiseen kysymykseen omalle erilliselle paperille.**
+  *Kollegasi haluaa kohdentaa vihreän fluoresoivan proteiinin (GFP:n) endoplasmakalvoston (ER:n) lumeniin. Hän päättää luoda muokatun version nimeltä GFP-ER, jossa hän lisää ER-retentiosignaalin Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) GFP:n C-terminaaliseen päähän. Hän näkee, että GFP-ER ilmenee soluissa ja että se on neljä aminohappoa pidempi kuin muokkaamaton GFP. Tästä huolimatta, vaikka GFP-ER:ssä on KDEL-retentiosignaali, se paikantuu soluissa solulimaan aivan samoin kuin muokkaamaton GFP. Mitä kollegasi pitäisi tehdä saadakseen GFP-ER paikantumaan ER:n lumeniin? Perustele.
+  * Allakuvatulla proteiinilla on kaksi kalvon läpäisevää alfa-heliksiä (harmaat laatikot). Proteiinin C-terminus on sytosolinen.
+    * Onko proteiinin N-terminus sytosolinen vai solunulkoinen?
+    * Esitä proteiinin topologia kuljetusvesikkelissä, jossa se kulkee Golgin laitteesta solukalvolle.
+    * Tiedetään, että proteiini on N-glykosyloitu. Missä osassa proteiinia hiilihydraattiosa todennäköisesti sijaitsee? Perustele kantasi.
+ {{solmoii_t2.jpg| }}
+   * Proteiini Z hajotetaan soluissa nopeasti, kun soluviljelmälle annetaan seerumipitoista viljelymediumia. Lisäksi tiedetään, että ennen hajotusta Z-proteiiniin liitetään ubikitiinileima. Kun soluista valmistetaan solulimafraktio ja kalvofraktio, huomataan, että Z paikantuu kalvofraktioon. Missä organellissa Z-proteiini todennäköisesti sijaitsee? Perustele kantasi.
+   * Vertaile tärkeimpien solujen välisten signaalinvälitysreittien toimintatapoja. Selosta yhtäläisyydet ja eroavaisuudet.
+   * Rab7-GTP:aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini, joka yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa rekrytoi dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, jos Rab7:lle spesifisen GTP:aasia aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta lisätään yli-ilmentämällä sitä soluissa? Perustele vastauksesi.
+   * Tutkimme kalan alkion solujen jakautumista. Solusyklin pituus on noin 30 min. Allaoleva kuva esittää M-sykliinin määrää soluissa ajan funktiona sekä käsittelemättömissä soluissa että soluissa, joita on käsitelty MI575-nimisellä aineella. Mitä solusyklille tapahtuu MI575-käsitellyissä soluissa? Perustele kantasi.
+{{solmoii_t6.jpg| }}
+==== Uudempia kysymyksiä (17.10.2014 tentistä): ====
+  *Rab7-GTP:aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini, joka GTP-muodossa ollessaan rekrytoi yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa  dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, josa Rab7:lle spesifisen GTP:aasia aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta vähennetään hiljentämällä sen ilmentyminen RNA interferenssin avulla? Perustele vastauksesi.
+  *Selosta (a) ATP-syntaasin mekanismi b) miten ATP-syntaasi ja elektroninsiirtoketju reagoivat, jos ATP:n pitoisuus alenee esim. lihassupistuksen takia.
+  *Kemikaali ID555 aiheuttaa sen, että M-Cdk-proteiinitaso soluissa pysyy korkeana. Kaksi erilaista mallia voi selittää miten ID555 toimii.
+          Malli 1: ID555 aktivoi transkriptiotekijän, joka stimuloi M-sykliiniä ja M-Cdk:ta koodaavia geenejä, joten ylimäärä M-Cdk-proteiinia tuotetaan.
+          Malli 2: ID555 inhiboi Cdc20-APC/C -kompleksin aktiivisuutta. Normaalitilassa ko. kompleksi ohjaa M-Cdk:n tuhottavaksi.
+Ystäväsi työskentelee laboratoriossa ja tarjoutuu tutkimaan ID555-käsiteltyjä soluja. Hän havaitsee, että ID555-käsitellyt solut kokoavat mitoosisukkulan ja niiden kromosomit asettuvat metafaasilinjaan. Anafaasissa normaalisti nähtävä kromosomien erkaneminen ei kuitenkaan tapahdu. Kumpaa mallia suosit tämän kokeellisen tiedon pohjalta? Perustele.
+  *E. coli -bakteeri on juuri uinut ravintorikkaalta alueelta myrkyllisiä raskasmetalleja sisältävälle alueelle. Kerro miten E. coli bakteeri muuttaa uintisuuntaansa. Perustele.