Tenttiwiki

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
solu-_ja_molekyylibiologia_ii [2015/04/14 13:13]
128.214.173.46 [Solu- ja molekyylibiologia II]
solu-_ja_molekyylibiologia_ii [2015/04/14 13:13] (current)
128.214.173.46 [Solu- ja molekyylibiologia I]
Line 1: Line 1:
 +====== Solu- ja molekyylibiologia II ======
  
 +======17.10.2014======
 +
 +Tentissä on 6 kysymystä. Vastaa jokaiseen kysymykseen erilliselle
 +paperille.
 +
 +1. Kollegasi haluaa kohdentaa vihreän fluoresoivan proteiinin (GFP:n) endoplasmakalvoston
 +(ER:n) lumeniin. Hän päättää luoda muokatun version nimeltä GFP-ER, jossa hän lisää ERretentiosignaalin
 +Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) GFP:n C-terminaaliseen päähän. Hän näkee, että
 +GFP-ER ilmenee soluissa ja että se on neljä aminohappoa pidempi kuin muokkaamaton GFP.
 +Tästä huolimatta, vaikka GFP-ER:ssä on KDEL-retentiosignaali,​ se paikantuu soluissa
 +solulimaan aivan samoin kuin muokkaamaton GFP. Mitä kollegasi pitäisi tehdä saadakseen
 +GFP-ER paikantumaan ER:n lumeniin? Perustele.
 +
 +
 +2. Rab7-GTP:​aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini,​ joka GTP-muodossa ollessaan
 +rekrytoi yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten
 +endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, jos Rab7:lle spesifisen GTP:aasia
 +aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta vähennetään hiljentämällä sen ilmentyminen
 +RNA interferenssin avulla? Perustele vastauksesi.
 +
 +3. Selosta ​
 +
 +(a) ATP-syntaasin mekanismi
 +
 +(b) miten ATP-syntaasi ja elektroninsiirtoketju reagoivat, jos ATP:n
 +pitoisuus alenee esim. lihassupistuksen takia.
 +
 +
 +4. Tutkit solun pinnan reseptoriproteiinia. Tiedät että siinä on yksi transmembraaniheeliksi eli
 +kalvon läpäisevä domeeni, ja että proteiinin N-terminus on solun ulkopuolla ja C-terminus
 +sytoplasmassa. Reseptori otetaan endosytoosin kautta endosomien ulkokalvolle ja siitä
 +edelleen multivesikulaarisiin kappaleisiin ja niiden sisemmille kalvoille eli niiden sisälle
 +kuroutuviin vesikkeleihin. Missä reseptorinproteiinin N-terminus ja C-terminus sijaitsevat
 +kussakin kolmessa vaiheessa (solukalvo, endosomia rajoittava kalvo, ja multivesikulaarisen
 +kappaleen sisällä oleva vesikkeli)? Kerro sanallisesti ja esitä piirrosten avulla.
 +
 +5. Kemikaali ID555 aiheuttaa sen, että M-Cdk-proteiinitaso soluissa pysyy korkeana. Kaksi
 +erilaista mallia voi selittää miten ID555 toimii.
 +
 +Malli 1: ID555 aktivoi transkriptiotekijän joka stimuloi M-sykliiniä ja M-Cdk:ta
 +koodaavia geenejä, joten ylimäärä M-Cdk-proteiinia tuotetaan.
 +
 +Malli 2: ID555 inhiboi Cdc20-APC/C –kompleksin aktiivisuutta. Normaalitilanteessa
 +ko. kompleksi ohjaa M-Cdk:n tuhottavaksi.
 +
 +Ystäväsi työskentelee laboratoriossa ja tarjoutuu tutkimaan ID555-käsiteltyjä soluja.
 +Hän havaitsee, että ID555-käsitellyt solut kokoavat mitoosisukkulan ja niiden kromosomit
 +asettuvat metafaasilinjaan. Anafaasissa normaalisti nähtävä kromosomien erkaneminen ei
 +kuitenkaan tapahdu. Kumpaa mallia suosit tämän kokeellisen tiedon pohjalta? Perustele
 +kantasi.
 +
 +
 +6. E. coli -bakteeri on juuri uinut ravintorikkaalta alueelta myrkyllisiä raskasmetalleja
 +sisältävälle alueelle. Kerro miten E. coli bakteeri muuttaa uintisuuntaansa. Perustele.
 +
 +==== 19.10.2012 ====
 +**Kysymyksiä on yhteensä 6. Vastaa jokaiseen kysymykseen omalle erilliselle paperille.**
 +  *Kollegasi haluaa kohdentaa vihreän fluoresoivan proteiinin (GFP:n) endoplasmakalvoston (ER:n) lumeniin. Hän päättää luoda muokatun version nimeltä GFP-ER, jossa hän lisää ER-retentiosignaalin Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) GFP:n C-terminaaliseen päähän. Hän näkee, että GFP-ER ilmenee soluissa ja että se on neljä aminohappoa pidempi kuin muokkaamaton GFP. Tästä huolimatta, vaikka GFP-ER:ssä on KDEL-retentiosignaali,​ se paikantuu soluissa solulimaan aivan samoin kuin muokkaamaton GFP. Mitä kollegasi pitäisi tehdä saadakseen GFP-ER paikantumaan ER:n lumeniin? Perustele. ​
 +
 +  * Allakuvatulla proteiinilla on kaksi kalvon läpäisevää alfa-heliksiä (harmaat laatikot). Proteiinin C-terminus on sytosolinen.
 +    * Onko proteiinin N-terminus sytosolinen vai solunulkoinen?​
 +    * Esitä proteiinin topologia kuljetusvesikkelissä,​ jossa se kulkee Golgin laitteesta solukalvolle.
 +    * Tiedetään,​ että proteiini on N-glykosyloitu. Missä osassa proteiinia hiilihydraattiosa todennäköisesti sijaitsee? Perustele kantasi.
 +
 + ​{{solmoii_t2.jpg| }}
 +
 +   * Proteiini Z hajotetaan soluissa nopeasti, kun soluviljelmälle annetaan seerumipitoista viljelymediumia. Lisäksi tiedetään,​ että ennen hajotusta Z-proteiiniin liitetään ubikitiinileima. Kun soluista valmistetaan solulimafraktio ja kalvofraktio,​ huomataan, että Z paikantuu kalvofraktioon. Missä organellissa Z-proteiini todennäköisesti sijaitsee? Perustele kantasi.
 +
 +   * Vertaile tärkeimpien solujen välisten signaalinvälitysreittien toimintatapoja. Selosta yhtäläisyydet ja eroavaisuudet.
 +
 +   * Rab7-GTP:​aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini,​ joka yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa rekrytoi dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, jos Rab7:lle spesifisen GTP:aasia aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta lisätään yli-ilmentämällä sitä soluissa? Perustele vastauksesi.
 +
 +   * Tutkimme kalan alkion solujen jakautumista. Solusyklin pituus on noin 30 min. Allaoleva kuva esittää M-sykliinin määrää soluissa ajan funktiona sekä käsittelemättömissä soluissa että soluissa, joita on käsitelty MI575-nimisellä aineella. Mitä solusyklille tapahtuu MI575-käsitellyissä soluissa? Perustele kantasi.
 +
 +{{solmoii_t6.jpg| }}
 +
 +==== Uudempia kysymyksiä (17.10.2014 tentistä): ====
 +
 +  *Rab7-GTP:​aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini,​ joka GTP-muodossa ollessaan rekrytoi yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa ​ dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, josa Rab7:lle spesifisen GTP:aasia aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta vähennetään hiljentämällä sen ilmentyminen RNA interferenssin avulla? Perustele vastauksesi.
 +
 +  *Selosta (a) ATP-syntaasin mekanismi b) miten ATP-syntaasi ja elektroninsiirtoketju reagoivat, jos ATP:n pitoisuus alenee esim. lihassupistuksen takia.
 +          ​
 +  *Kemikaali ID555 aiheuttaa sen, että M-Cdk-proteiinitaso soluissa pysyy korkeana. Kaksi erilaista mallia voi selittää miten ID555 toimii.
 +          Malli 1: ID555 aktivoi transkriptiotekijän,​ joka stimuloi M-sykliiniä ja M-Cdk:ta koodaavia geenejä, joten ylimäärä M-Cdk-proteiinia tuotetaan.
 +          Malli 2: ID555 inhiboi Cdc20-APC/C -kompleksin aktiivisuutta. Normaalitilassa ko. kompleksi ohjaa M-Cdk:n tuhottavaksi.
 +Ystäväsi työskentelee laboratoriossa ja tarjoutuu tutkimaan ID555-käsiteltyjä soluja. Hän havaitsee, että ID555-käsitellyt solut kokoavat mitoosisukkulan ja niiden kromosomit asettuvat metafaasilinjaan. Anafaasissa normaalisti nähtävä kromosomien erkaneminen ei kuitenkaan tapahdu. Kumpaa mallia suosit tämän kokeellisen tiedon pohjalta? Perustele.
 +
 +  *E. coli -bakteeri on juuri uinut ravintorikkaalta alueelta myrkyllisiä raskasmetalleja sisältävälle alueelle. Kerro miten E. coli bakteeri muuttaa uintisuuntaansa. Perustele.