Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revision Previous revision | |||
solu-_ja_molekyylibiologia_ii [2015/04/14 13:13] 128.214.173.46 [Solu- ja molekyylibiologia II] |
solu-_ja_molekyylibiologia_ii [2015/04/14 13:13] (current) 128.214.173.46 [Solu- ja molekyylibiologia I] |
||
---|---|---|---|
Line 1: | Line 1: | ||
+ | ====== Solu- ja molekyylibiologia II ====== | ||
+ | ======17.10.2014====== | ||
+ | |||
+ | Tentissä on 6 kysymystä. Vastaa jokaiseen kysymykseen erilliselle | ||
+ | paperille. | ||
+ | |||
+ | 1. Kollegasi haluaa kohdentaa vihreän fluoresoivan proteiinin (GFP:n) endoplasmakalvoston | ||
+ | (ER:n) lumeniin. Hän päättää luoda muokatun version nimeltä GFP-ER, jossa hän lisää ERretentiosignaalin | ||
+ | Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) GFP:n C-terminaaliseen päähän. Hän näkee, että | ||
+ | GFP-ER ilmenee soluissa ja että se on neljä aminohappoa pidempi kuin muokkaamaton GFP. | ||
+ | Tästä huolimatta, vaikka GFP-ER:ssä on KDEL-retentiosignaali, se paikantuu soluissa | ||
+ | solulimaan aivan samoin kuin muokkaamaton GFP. Mitä kollegasi pitäisi tehdä saadakseen | ||
+ | GFP-ER paikantumaan ER:n lumeniin? Perustele. | ||
+ | |||
+ | |||
+ | 2. Rab7-GTP:aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini, joka GTP-muodossa ollessaan | ||
+ | rekrytoi yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten | ||
+ | endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, jos Rab7:lle spesifisen GTP:aasia | ||
+ | aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta vähennetään hiljentämällä sen ilmentyminen | ||
+ | RNA interferenssin avulla? Perustele vastauksesi. | ||
+ | |||
+ | 3. Selosta | ||
+ | |||
+ | (a) ATP-syntaasin mekanismi | ||
+ | |||
+ | (b) miten ATP-syntaasi ja elektroninsiirtoketju reagoivat, jos ATP:n | ||
+ | pitoisuus alenee esim. lihassupistuksen takia. | ||
+ | |||
+ | |||
+ | 4. Tutkit solun pinnan reseptoriproteiinia. Tiedät että siinä on yksi transmembraaniheeliksi eli | ||
+ | kalvon läpäisevä domeeni, ja että proteiinin N-terminus on solun ulkopuolla ja C-terminus | ||
+ | sytoplasmassa. Reseptori otetaan endosytoosin kautta endosomien ulkokalvolle ja siitä | ||
+ | edelleen multivesikulaarisiin kappaleisiin ja niiden sisemmille kalvoille eli niiden sisälle | ||
+ | kuroutuviin vesikkeleihin. Missä reseptorinproteiinin N-terminus ja C-terminus sijaitsevat | ||
+ | kussakin kolmessa vaiheessa (solukalvo, endosomia rajoittava kalvo, ja multivesikulaarisen | ||
+ | kappaleen sisällä oleva vesikkeli)? Kerro sanallisesti ja esitä piirrosten avulla. | ||
+ | |||
+ | 5. Kemikaali ID555 aiheuttaa sen, että M-Cdk-proteiinitaso soluissa pysyy korkeana. Kaksi | ||
+ | erilaista mallia voi selittää miten ID555 toimii. | ||
+ | |||
+ | Malli 1: ID555 aktivoi transkriptiotekijän joka stimuloi M-sykliiniä ja M-Cdk:ta | ||
+ | koodaavia geenejä, joten ylimäärä M-Cdk-proteiinia tuotetaan. | ||
+ | |||
+ | Malli 2: ID555 inhiboi Cdc20-APC/C –kompleksin aktiivisuutta. Normaalitilanteessa | ||
+ | ko. kompleksi ohjaa M-Cdk:n tuhottavaksi. | ||
+ | |||
+ | Ystäväsi työskentelee laboratoriossa ja tarjoutuu tutkimaan ID555-käsiteltyjä soluja. | ||
+ | Hän havaitsee, että ID555-käsitellyt solut kokoavat mitoosisukkulan ja niiden kromosomit | ||
+ | asettuvat metafaasilinjaan. Anafaasissa normaalisti nähtävä kromosomien erkaneminen ei | ||
+ | kuitenkaan tapahdu. Kumpaa mallia suosit tämän kokeellisen tiedon pohjalta? Perustele | ||
+ | kantasi. | ||
+ | |||
+ | |||
+ | 6. E. coli -bakteeri on juuri uinut ravintorikkaalta alueelta myrkyllisiä raskasmetalleja | ||
+ | sisältävälle alueelle. Kerro miten E. coli bakteeri muuttaa uintisuuntaansa. Perustele. | ||
+ | |||
+ | ==== 19.10.2012 ==== | ||
+ | **Kysymyksiä on yhteensä 6. Vastaa jokaiseen kysymykseen omalle erilliselle paperille.** | ||
+ | *Kollegasi haluaa kohdentaa vihreän fluoresoivan proteiinin (GFP:n) endoplasmakalvoston (ER:n) lumeniin. Hän päättää luoda muokatun version nimeltä GFP-ER, jossa hän lisää ER-retentiosignaalin Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) GFP:n C-terminaaliseen päähän. Hän näkee, että GFP-ER ilmenee soluissa ja että se on neljä aminohappoa pidempi kuin muokkaamaton GFP. Tästä huolimatta, vaikka GFP-ER:ssä on KDEL-retentiosignaali, se paikantuu soluissa solulimaan aivan samoin kuin muokkaamaton GFP. Mitä kollegasi pitäisi tehdä saadakseen GFP-ER paikantumaan ER:n lumeniin? Perustele. | ||
+ | |||
+ | * Allakuvatulla proteiinilla on kaksi kalvon läpäisevää alfa-heliksiä (harmaat laatikot). Proteiinin C-terminus on sytosolinen. | ||
+ | * Onko proteiinin N-terminus sytosolinen vai solunulkoinen? | ||
+ | * Esitä proteiinin topologia kuljetusvesikkelissä, jossa se kulkee Golgin laitteesta solukalvolle. | ||
+ | * Tiedetään, että proteiini on N-glykosyloitu. Missä osassa proteiinia hiilihydraattiosa todennäköisesti sijaitsee? Perustele kantasi. | ||
+ | |||
+ | {{solmoii_t2.jpg| }} | ||
+ | |||
+ | * Proteiini Z hajotetaan soluissa nopeasti, kun soluviljelmälle annetaan seerumipitoista viljelymediumia. Lisäksi tiedetään, että ennen hajotusta Z-proteiiniin liitetään ubikitiinileima. Kun soluista valmistetaan solulimafraktio ja kalvofraktio, huomataan, että Z paikantuu kalvofraktioon. Missä organellissa Z-proteiini todennäköisesti sijaitsee? Perustele kantasi. | ||
+ | |||
+ | * Vertaile tärkeimpien solujen välisten signaalinvälitysreittien toimintatapoja. Selosta yhtäläisyydet ja eroavaisuudet. | ||
+ | |||
+ | * Rab7-GTP:aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini, joka yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa rekrytoi dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, jos Rab7:lle spesifisen GTP:aasia aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta lisätään yli-ilmentämällä sitä soluissa? Perustele vastauksesi. | ||
+ | |||
+ | * Tutkimme kalan alkion solujen jakautumista. Solusyklin pituus on noin 30 min. Allaoleva kuva esittää M-sykliinin määrää soluissa ajan funktiona sekä käsittelemättömissä soluissa että soluissa, joita on käsitelty MI575-nimisellä aineella. Mitä solusyklille tapahtuu MI575-käsitellyissä soluissa? Perustele kantasi. | ||
+ | |||
+ | {{solmoii_t6.jpg| }} | ||
+ | |||
+ | ==== Uudempia kysymyksiä (17.10.2014 tentistä): ==== | ||
+ | |||
+ | *Rab7-GTP:aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini, joka GTP-muodossa ollessaan rekrytoi yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, josa Rab7:lle spesifisen GTP:aasia aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta vähennetään hiljentämällä sen ilmentyminen RNA interferenssin avulla? Perustele vastauksesi. | ||
+ | |||
+ | *Selosta (a) ATP-syntaasin mekanismi b) miten ATP-syntaasi ja elektroninsiirtoketju reagoivat, jos ATP:n pitoisuus alenee esim. lihassupistuksen takia. | ||
+ | | ||
+ | *Kemikaali ID555 aiheuttaa sen, että M-Cdk-proteiinitaso soluissa pysyy korkeana. Kaksi erilaista mallia voi selittää miten ID555 toimii. | ||
+ | Malli 1: ID555 aktivoi transkriptiotekijän, joka stimuloi M-sykliiniä ja M-Cdk:ta koodaavia geenejä, joten ylimäärä M-Cdk-proteiinia tuotetaan. | ||
+ | Malli 2: ID555 inhiboi Cdc20-APC/C -kompleksin aktiivisuutta. Normaalitilassa ko. kompleksi ohjaa M-Cdk:n tuhottavaksi. | ||
+ | Ystäväsi työskentelee laboratoriossa ja tarjoutuu tutkimaan ID555-käsiteltyjä soluja. Hän havaitsee, että ID555-käsitellyt solut kokoavat mitoosisukkulan ja niiden kromosomit asettuvat metafaasilinjaan. Anafaasissa normaalisti nähtävä kromosomien erkaneminen ei kuitenkaan tapahdu. Kumpaa mallia suosit tämän kokeellisen tiedon pohjalta? Perustele. | ||
+ | |||
+ | *E. coli -bakteeri on juuri uinut ravintorikkaalta alueelta myrkyllisiä raskasmetalleja sisältävälle alueelle. Kerro miten E. coli bakteeri muuttaa uintisuuntaansa. Perustele. |