Warning: Declaration of action_plugin_captcha::register(&$controller) should be compatible with DokuWiki_Action_Plugin::register(Doku_Event_Handler $controller) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php on line 0

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php:0) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/inc/auth.php on line 549

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php:0) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/inc/actions.php on line 207
solu-_ja_molekyylibiologia_ii - Tenttiwiki
Tenttiwiki

Solu- ja molekyylibiologia II

17.10.2014

Tentissä on 6 kysymystä. Vastaa jokaiseen kysymykseen erilliselle paperille.

1. Kollegasi haluaa kohdentaa vihreän fluoresoivan proteiinin (GFP:n) endoplasmakalvoston (ER:n) lumeniin. Hän päättää luoda muokatun version nimeltä GFP-ER, jossa hän lisää ERretentiosignaalin Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) GFP:n C-terminaaliseen päähän. Hän näkee, että GFP-ER ilmenee soluissa ja että se on neljä aminohappoa pidempi kuin muokkaamaton GFP. Tästä huolimatta, vaikka GFP-ER:ssä on KDEL-retentiosignaali, se paikantuu soluissa solulimaan aivan samoin kuin muokkaamaton GFP. Mitä kollegasi pitäisi tehdä saadakseen GFP-ER paikantumaan ER:n lumeniin? Perustele.

2. Rab7-GTP:aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini, joka GTP-muodossa ollessaan rekrytoi yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, jos Rab7:lle spesifisen GTP:aasia aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta vähennetään hiljentämällä sen ilmentyminen RNA interferenssin avulla? Perustele vastauksesi.

3. Selosta

(a) ATP-syntaasin mekanismi

(b) miten ATP-syntaasi ja elektroninsiirtoketju reagoivat, jos ATP:n pitoisuus alenee esim. lihassupistuksen takia.

4. Tutkit solun pinnan reseptoriproteiinia. Tiedät että siinä on yksi transmembraaniheeliksi eli kalvon läpäisevä domeeni, ja että proteiinin N-terminus on solun ulkopuolla ja C-terminus sytoplasmassa. Reseptori otetaan endosytoosin kautta endosomien ulkokalvolle ja siitä edelleen multivesikulaarisiin kappaleisiin ja niiden sisemmille kalvoille eli niiden sisälle kuroutuviin vesikkeleihin. Missä reseptorinproteiinin N-terminus ja C-terminus sijaitsevat kussakin kolmessa vaiheessa (solukalvo, endosomia rajoittava kalvo, ja multivesikulaarisen kappaleen sisällä oleva vesikkeli)? Kerro sanallisesti ja esitä piirrosten avulla.

5. Kemikaali ID555 aiheuttaa sen, että M-Cdk-proteiinitaso soluissa pysyy korkeana. Kaksi erilaista mallia voi selittää miten ID555 toimii.

Malli 1: ID555 aktivoi transkriptiotekijän joka stimuloi M-sykliiniä ja M-Cdk:ta koodaavia geenejä, joten ylimäärä M-Cdk-proteiinia tuotetaan.

Malli 2: ID555 inhiboi Cdc20-APC/C –kompleksin aktiivisuutta. Normaalitilanteessa ko. kompleksi ohjaa M-Cdk:n tuhottavaksi.

Ystäväsi työskentelee laboratoriossa ja tarjoutuu tutkimaan ID555-käsiteltyjä soluja. Hän havaitsee, että ID555-käsitellyt solut kokoavat mitoosisukkulan ja niiden kromosomit asettuvat metafaasilinjaan. Anafaasissa normaalisti nähtävä kromosomien erkaneminen ei kuitenkaan tapahdu. Kumpaa mallia suosit tämän kokeellisen tiedon pohjalta? Perustele kantasi.

6. E. coli -bakteeri on juuri uinut ravintorikkaalta alueelta myrkyllisiä raskasmetalleja sisältävälle alueelle. Kerro miten E. coli bakteeri muuttaa uintisuuntaansa. Perustele.

19.10.2012

Kysymyksiä on yhteensä 6. Vastaa jokaiseen kysymykseen omalle erilliselle paperille.

  • Kollegasi haluaa kohdentaa vihreän fluoresoivan proteiinin (GFP:n) endoplasmakalvoston (ER:n) lumeniin. Hän päättää luoda muokatun version nimeltä GFP-ER, jossa hän lisää ER-retentiosignaalin Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) GFP:n C-terminaaliseen päähän. Hän näkee, että GFP-ER ilmenee soluissa ja että se on neljä aminohappoa pidempi kuin muokkaamaton GFP. Tästä huolimatta, vaikka GFP-ER:ssä on KDEL-retentiosignaali, se paikantuu soluissa solulimaan aivan samoin kuin muokkaamaton GFP. Mitä kollegasi pitäisi tehdä saadakseen GFP-ER paikantumaan ER:n lumeniin? Perustele.
  • Allakuvatulla proteiinilla on kaksi kalvon läpäisevää alfa-heliksiä (harmaat laatikot). Proteiinin C-terminus on sytosolinen.
    • Onko proteiinin N-terminus sytosolinen vai solunulkoinen?
    • Esitä proteiinin topologia kuljetusvesikkelissä, jossa se kulkee Golgin laitteesta solukalvolle.
    • Tiedetään, että proteiini on N-glykosyloitu. Missä osassa proteiinia hiilihydraattiosa todennäköisesti sijaitsee? Perustele kantasi.

  • Proteiini Z hajotetaan soluissa nopeasti, kun soluviljelmälle annetaan seerumipitoista viljelymediumia. Lisäksi tiedetään, että ennen hajotusta Z-proteiiniin liitetään ubikitiinileima. Kun soluista valmistetaan solulimafraktio ja kalvofraktio, huomataan, että Z paikantuu kalvofraktioon. Missä organellissa Z-proteiini todennäköisesti sijaitsee? Perustele kantasi.
  • Vertaile tärkeimpien solujen välisten signaalinvälitysreittien toimintatapoja. Selosta yhtäläisyydet ja eroavaisuudet.
  • Rab7-GTP:aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini, joka yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa rekrytoi dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, jos Rab7:lle spesifisen GTP:aasia aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta lisätään yli-ilmentämällä sitä soluissa? Perustele vastauksesi.
  • Tutkimme kalan alkion solujen jakautumista. Solusyklin pituus on noin 30 min. Allaoleva kuva esittää M-sykliinin määrää soluissa ajan funktiona sekä käsittelemättömissä soluissa että soluissa, joita on käsitelty MI575-nimisellä aineella. Mitä solusyklille tapahtuu MI575-käsitellyissä soluissa? Perustele kantasi.

Uudempia kysymyksiä (17.10.2014 tentistä):

  • Rab7-GTP:aasi on myöhäisten endosomien merkkiproteiini, joka GTP-muodossa ollessaan rekrytoi yhdessä ORP1L-proteiinin kanssa dyneiini-moottoriproteiinin endosomeihin. Miten endosomien solunsisäinen paikantuminen muuttuu, josa Rab7:lle spesifisen GTP:aasia aktivoivan proteiinin eli GAP:n aktiivisuutta vähennetään hiljentämällä sen ilmentyminen RNA interferenssin avulla? Perustele vastauksesi.
  • Selosta (a) ATP-syntaasin mekanismi b) miten ATP-syntaasi ja elektroninsiirtoketju reagoivat, jos ATP:n pitoisuus alenee esim. lihassupistuksen takia.
  • Kemikaali ID555 aiheuttaa sen, että M-Cdk-proteiinitaso soluissa pysyy korkeana. Kaksi erilaista mallia voi selittää miten ID555 toimii.

Malli 1: ID555 aktivoi transkriptiotekijän, joka stimuloi M-sykliiniä ja M-Cdk:ta koodaavia geenejä, joten ylimäärä M-Cdk-proteiinia tuotetaan.

        Malli 2: ID555 inhiboi Cdc20-APC/C -kompleksin aktiivisuutta. Normaalitilassa ko. kompleksi ohjaa M-Cdk:n tuhottavaksi.

Ystäväsi työskentelee laboratoriossa ja tarjoutuu tutkimaan ID555-käsiteltyjä soluja. Hän havaitsee, että ID555-käsitellyt solut kokoavat mitoosisukkulan ja niiden kromosomit asettuvat metafaasilinjaan. Anafaasissa normaalisti nähtävä kromosomien erkaneminen ei kuitenkaan tapahdu. Kumpaa mallia suosit tämän kokeellisen tiedon pohjalta? Perustele.

  • E. coli -bakteeri on juuri uinut ravintorikkaalta alueelta myrkyllisiä raskasmetalleja sisältävälle alueelle. Kerro miten E. coli bakteeri muuttaa uintisuuntaansa. Perustele.