Warning: Declaration of action_plugin_captcha::register(&$controller) should be compatible with DokuWiki_Action_Plugin::register(Doku_Event_Handler $controller) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php on line 0
proteiinianalyysi - Tenttiwiki
Tenttiwiki

Proteiinianalyysi

16.10.2009

1. Määrittele

  • a. logaritminen vetokertoimien suhde (log-odds ratio)
  • b. lokaali ja globaali rinnastus (local and global alignment)
  • c. niukkuusperiaate (maximum parsimony) fylogeneettisessä analyysissä
  • d. sekundäärirakenne
  • e. geenin funktio

2. Alla olevassa kuvassa on esitetty piilomarkovmallin rakenne ja tilojen väliset transitiotodennäköisyydet. Tilan 1 emissiotodennäköisyydet p1 ovat p1('a')=0,8 ja p1('b')=0,2, ja tilan 2 emissiotodennäköisyydet ovat p2('a')=0,25 ja p2('b')=0,75. Millä todennäköisyydellä malli tuottaa sekvenssin 'aba'?

              0,5             0,2

(aloitus)——–>(tila 1)———→(tila 2)———>(loppu)

        1,0         0,5           0,8

3. Mitä odotuksia Fitch-Margoliashin ja UPGMA-menetelmät tekevät mutaationopeudesta fylogeniapuun eri haaroissa?

4. Kuvaile komparatiivisen mallistuksen tarkkuutta, suurimpia virhelähteitä ja mallin käyttötarkoituksia, kun mallitettavan sekvenssin ja templaatin välinen sekvenssi-identtisyys on a) 80% b) 40% c) alle 20%.

5. (a) Pujontusmenetelmä (threading) ennustaa proteiinien rakenteita ilman oletuksia homologiasta. Miksi menetelmä voi periaatteessa toimia? (b) Pujotusmenetelmässä käytetään rakenteellista ympäristöä kuvaavia profiileja (environmental profiles) tai kahdenvälisiä potentiaaleja (pair potential). Minkätyyppisiä algoritmeja käytetään linjausten optimointiin näiden pisteytysmenetelmien suhteen?

6. Mitä synonymisten ja ei-synonymisten substituutionopeuksien analyysi kertoo geenin funktiosta?

28.4.2005

1. Määrittele:

  • Homologia
  • Paralogia
  • Konvergentti evoluutio
  • Peliotropia

2. Levinthalin paradoksi.

3. Komparatiivisen mallituksen virhelähteet.

4. Kuinka monta L aminohapon pituista sekvenssiä voidaan muodostaa? Kuinka monta luonnon aminohapposekvenssiä tunnetaan (anna suuruusluokka)? Mistä syystä oletetaan, että jos kahden proteiinin aminohapposekvenssien välinen etäisyys on pieni, homologia on todennäköistä?

5. Kuvassa on esitetty vasemmalla Blast- ja oikealla PSI-Blast-ohjelman löytämät naapurit (e-value<1) ureaasin ja sen homologien muodostamassa joukossa. Hakusekvenssit ovat pystyakselilla ja löydetyt naapurit on kuvattu pistienä vaaka-akselilla. Proteiinien järjestys on sama kummallakin akselilla. Miksi PSI-Blastin hakutulos on epäsymmetrinen?

6. Kuvassa 2 on otteita Blast-ohjelman tulostuksesta, kun hakuna on erään atsuriinin sekvenssi. Atsuriini kuuluu sinisten kupariproteiinien suurperheeseen; kuparikeskus absorboi valoa, mistä johtuu proteiinien sininen väri. (a) Kuvan 2A proteiinit ovat kaikki atsuriinin sukulaisia. Mitkä aminohapot ovat säilyneet invarianttina tässä joukossa? (b) Kuvassa 2B on lisää Blastin löytämiä samankaltaisuuksia, joskin proteiinien nimet on peitetty. Perustele kustakin kuvan 2B sekvenssistä (PDB:1KBW_F, PDB:2PCF_A ja PDB:2BBV_C), kuuluuko se sinisten kupariproteiinien suurperheeseen. (Kuvassa näkyvät merkinnät ovat omia.)