Warning: Declaration of action_plugin_captcha::register(&$controller) should be compatible with DokuWiki_Action_Plugin::register(Doku_Event_Handler $controller) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php on line 0
mikrobifysiologia_ja_biotekniikka - Tenttiwiki
Tenttiwiki

Mikrobifysiologia ja biotekniikka

Kirjakuulustelu 16.10.2012

Mahdolliset kysymykset oli annettu etukäteen (20kpl). Tentissä kysyttiin seuraavat 5:

  1. Mitä tarkoitetaan bioremediaatiolla ja mihin sitä käytetään? Minkälaisia tekniikoita bioremediaatiossa käytetään?
  2. Bakteerien kloonausvektorit: miten plasmidit, lambda-faagiderivaatat, kosmidit, M13 vektorit ja bakteerien keinotekoiset kromosomit (BAC) erovat toisistaan?
  3. Miten nitrifikaatio, denitrifikaatio sekä typen sidonta eroavat mekanismeiltaan jabiologiselta merkitykseltään?
  4. Penisilliinit ja niiden teollinen tuotto.
  5. Ti-plasmidi ja sen käyttö biotekniikassa.

15.4.2011

  1. How do bacteria gain energy through iron oxidation? What is the ecological significance of this process
  2. Structure, function and ecological significance of nitrogenase enzyme
  3. What are inclusion bodies, how are they formed and how can you prevent their formation
  4. You are employed in a company producing ethanol from biomass through fermentation, with the aim of using ethanol as an energy source. Which biomass resources you can use and what are their benefits and drawbacks? Describe the general scheme of the production process
  5. Explain the concepts “metagenomics”, “transcriptomics”, and “proteomics”

1. uusintakuulustelu 18.5.2010

Mahdolliset kysymykset oli annettu etukäteen. Niitä oli yhteensä 27. Tentissä kysyttiin seuraavat 5:

  1. Onko 16S RNA ja/tai sitä koodaava geeni hyvä työkalu tutkittaesssa bakteerien sukulaisuutta? Miksi? Miten sitä voidaan käyttää?
  2. Mitkä ovat sitruunahappokierron tehtävät eri prokaryooteilla ja millainen se on kussakin tapauksessa?
  3. Mikä on sortaasi ja mitä se tekee? Onko mielestäsi sortaasi-negatiivinen maitohappobakteeri-mutantti kykenevä elämään ihmisen suolistossa?
  4. Bakteerien kommunikaatio ja sen mekanismit biofilmeissä.
  5. Kuvaile syitä miksi S. cerevisiae on käyttökelpoinen malliorganismi eukaryoottisolujen biologisissa tutkimuksissa?

23.4.2010

  1. Miten kolme keskeistä sokerien metaboliareittiä eroavat toisistaan ja mitä siitä seuraa?
  2. Olet saanut työpaikan BestPossibleEnvironment (BSE)-firmassa, ja tehtävänäsi on analysoida meijerin happaman ympäristöjätteen (laktaatti) vaikusta mikrobiston koostumukseen meijerin maaperän jätteenpoistoalueella. Mitä vaihtoehtoja sinulla on asian selvittämiseksi, ja mitä suosittelet analysoitavksi?
  3. Miten E. coli -bakteerin omat proteaasit voivat vaikuttaa vieraan proteiinin tuottoon ja miten ko. proteolyysiä voidaan välttää?
  4. Teet ilmastetun panoskasvatuksen yhden litran (nettotilavuus) fermentorissa. Alussa hiivaa (Saccharomyces cerevisiae) on 0,1 %:a kuiva-aineena laskettuna ja glukoosia 10 %:a. Hiivan spesifinen kasvunopeus on 0,2 h-1, sokerin ja etanolin käyttökyky 2 g/g hiivakuiva-ainetta/tunti. Milloin suunnilleen on glukoosi käytetty kokonaan? paljonko silloin arvioit olevan hiivaa (kuiva-aineena) ja etanolia litrassa? Milloin karkeasti ottaen on etanolin pitoisuus 0 %:a?
  5. Millä strategioilla proteiinien tuottotasoja on saatu parannetettua rihmasieni-isännissä?

Loppukoe 28.4.2008

Kirjoittajan huomio: Tehtävät on kirjoitettu ulkomuistista ja kysymyksenasettelu voi siksi olla hieman todellisuudesta poikkeava.

Vastaa jokaiseen kysymykseen lyhyesti ja perustele vastauksesi jokaisessa tehtävässä ja alakohdassa. Rajatun vastaustilan ylimenevä osa jätetään huomiotta arvostelussa.

  1. Olet töissä yrityksessä, joka tutkii ihmisen normaaliflooraa ja sen yhteyttä hyvinvointiimme. Saat tehtäväksesi tutkia huonosti suolistossamme imeytyvän kuidun vaikutuksia paksusuolessa elävään bakteereihimme. Mikä on tutkimusstrategiasi?
  2. Jatkat työskentelyä edelleen samassa yrityksessä. Nyt haluat tutkia asetaatin vaikutusta paksusuolessa eläviin E.Coliin ja XX -bakteerien metaboliaan. Mikä on etenemisstrategiasi?
  3. Millaisia kasvuolosuhdesopeutumia maitohappobakteereille on evoluution aikana kehittynyt?
  4. Miksi homofermentatiiviset maitohappobakteerit voivat ohjata metaboliaansa heterofermentatiivisille metaboliareiteille?
  5. Kasvatat E.Colia panosviljenynä minimialustalla, jossa on kasvuun tarvittavat suolat yms. Lisäät alustaan 100 mg/l glukoosia. Miten muuttuvat spesifinen kasvunopeus, kasvusaanto ja molaarinen kasvusaanto verrattuna alkuperäiseen tilanteeseen, kun
  • lisäätkin glukoosia 1 g/l?
  • lisäätkin glukoosia 10 mg/l?
  • solun ulkoisen nestetilan pH muuttuu seitsemästä kuuteen
  • solun ulkoisen nestetilan pH muuttuu seitsemästä kahdeksaan
  • käytätkin glukoosin tilalla fruktoosia 1 g/l.
  1. Kollegasi täytyisi eristää EHEC-kannasta patogeeninen proteiini molekulaarisilla display-menetelmillä. Miten neuvoisit häntä oikean menetelmän valinnassa?

1. uusintakuulustelu toukokuu 2005

Vastaa lyhyesti ja keskity olennaiseen. Perustele kaikki vastauksesi. Nämä seikat huomioidaan arvostelussa.

  1. 1. Miksi mutantit, joiden EI tai HPr eivät pysty toimimaan fosfotransferaasisysteemissä (PTS), voivat olla myös kyvyttömiä kuljettamaan soluun sellaisiakin sokereita, jotka eivät käytä PTS-systeemiä?
  2. 2. Oxalobacter formigenes dekarboksyloi oksaalihappoa formaatiksi. Miten tässä yhteydessä syntyvät Δp, Δψ ja ATP?

  1. 3. Mikrobiologiset tapahtumat Emmental-juuston valmistuksessa.
  2. 4. Haluat E. colissa tuottaa sitoutumisanalyysejä varten sieniproteiinin, joka sisältää kaksi disulfidisidosta. Miten onnistuisit parhaiten ja miksi?
  3. 5. Vertaa yhteiskuntajätteen kompostointia polttoon.

16.4.2004

Vastaa lyhyesti ja keskity olennaiseen. Perustele kaikki vastauksesi. Nämä seikat huomioidaan arvostelussa.

  1. 1A. Miksi ED (Entner-Duodorff)-reitti tuottaa vain 50% siitä ATP-määrästä, minkä EMP (Embden-Meyerhor-Pernas)-reitti glukoosia hajotettaessa?
  2. 1B. Oxalobacter formigenes dekarboksyloi oksaalihappoa formaatiksi. Miten tässä yhteydessä syntyvät Δp, Δψ ja ATP?

  1. 2. Sait gradutyösi aiheiksi kolme vaihtoehtoa: eristää E. coli -mutantti, jolta on inaktivoitu joko pyruvaattidehydrogenaasi, α-ketoglutaraattidehydrogenaasi tai fumaraattireduktaasi. Ovatko tehtävät mielestäsi mahdollisia, ja mitkä ovat mutanttien fenotyypit kasvun suhteen?
  1. 3. Kasvatat E. colia 100 ml:n kemostaatissa laimennoskertoimella D = 0.1. Alusta on minimialusta (nitraatti, sulfaatti, fosfaatti yms. hivenaineet; pH 7.0), jossa myös alla luetellut yhdisteet hiilen ja energian lähteinä (samoissa moolipitoisuuksissa). Kasvatus on aerobinen. Laita yhdisteet järjestykseen sen mukaan, millä substraatilla solusaanto on mielestäsi suurin.
  • A) asetaatti
  • B) sukkinaatti
  • C) puryvaatti
  • D) glukoosi
  • E) fruktoosi

Miten järjestys muuttuu, jos kasvatus on anaerobinen? Mikä on solujen spesifinen kasvunopeus kemostaatissa ym. vaihtoehdoissa? Mitä tapahtuu, jos lasket pH:n arvoon 6?

  1. 4A. Mitä hyötyä phagemid-vektorista on faagi-display-menetelmässä?
  2. 4B. Miksi alhaisen kopioluvun plasmidi on joskus parempi valinta vektoriksi vieraiden proteiinien tuotossa E. colissa kuin korkean kopioluvun plasmidi?
  3. 4C. Miten pystyt samaa plasmidia käyttäen erittämään fuusioproteiinin bakteerin kasvualustaan tai esittelemään sen bakteerisolun pinnalla?

14.4.2000

Vastaa 4 kysymykseen - kuhunkin eri paperille.

  1. Miten sokerien kuljetus tapahtuu fosfotransferaasisysteemillä? Mikä on perusmekanismi ja mitä eroja ja samankaltaisuuksia on eri komponenteilla eri tilanteissa?
  2. Mikä on Embden-Meyerhof-Parnas reitti? Miksi ja miten bakteerit säätelevät sitä?
  3. Leivin/polttimohiivan (Saccharomyces cerevisiae) suhtautuminen sokeriin ja happeen?
  4. Ihmisille tarkoitettujen probioottien valintakriteerit?
  5. Selvitä erot mono- ja multivalenttisen faagidisplayn välillä. Kerro myös molempien menetelmien hyvät ja huonot puolet.