Tenttiwiki

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

biokemian_perustyoet_1b [2014/08/15 22:43] (current)
Line 1: Line 1:
 +======Biokemian perustyöt 1B======
 +
 +
 +
 +==== 25.5.2011 ====
 +
 +  - Käänteisfaasikromatografian käyttö sekä peptidien että hiilihydraattien analytiikassa ja puhdistuksessa.
 +  - Band 4.1-proteiinin tiedetään sitoutuvan glykoforiini A:n sytoplasmiseen domeeniin. Suunnittele koejärjestely,​ jonka avulla voit tutkia glykoforiini A:n ja Band 4.1-proteiinin bälistä vuorovaikutusta membraaniproteiini-työn menetelmiä käyttäen.
 +  - Suunnittele mitokondriaalisen ASATin puhdistus maksasta. Miten voit varmistaa puhdistamastasi proteiinista,​ että se on mitokondiaalista?​ Mitokonfriaalisen ASATin laskennallinen pI=9,0 ja Mp=44,7kDa
 +
 +
 +==== 22.5.2008 ====
 +
 +  -Selitä lyhyesti miksi työssä 6. käytettiin
 +    * a) sytokromi c oksidaasimääritystä ja hapanfosfataasimääritystä?​
 +    * b) rikkihappoa
 +    * c) Trikloorietikkahappoa
 +    * d) PMSF:a
 +  -Sama kuin 24.5.2005 3. tehtävä
 +  -Selitä lyhyesti: Geelisuodatuksen periaate ja sovellutukset
 +  - (Vuokaavio glykoproteiinin sokeriosan karakterisoinnista)
 +
 +      Ovalbumiini 102,3 mg
 +      Entsyymihydrolyysi 7095 µg heksoosia/6 ml
 +      geelisuodatus heksoosia yht. 6210µg (entsyymihydrolyysistä on otettu mittauksiin 100µl näytettä)
 +
 +    * a)Laske alkuperäisen glykoproteiinin heksoosipitoisuus (massa%)
 +    * b)Laske geelisuodatuksessa eluoituneiden heksoosien eluutioprosentti
 +    * c) Miksi entsyymihydrolyysitehtiin?​ Vertaile käytettyjen entsyymien kymotrypsiinin ja pronaasin ominaisuuksia hydrolyysissä. ​
 +
 +
 +==== 24.5.2005 ====
 +  - N- ja O-glykosidisten oligosakkaridien erot
 +  - Tay-Sachsin tauti on lysosomaalinen kertymätauti,​ jossa heksosaminidaasin puute aiheuttaa gangliosidien kertymistä hermosoluihin. Miten eristät lysosomit aivokudoksesta ja testaat puhdistuksen onnistumisen?​ Mitä menetelmän eri vaiheissa tulee ottaa huomioon?
 +  - Mittaat aspartaattiaminotransferaasin (ASAT) aktiivisuutta 4,0 ml:n näytteestä. Näytteen proteiinipitoisuus on 2,3 mg/ml. ASAT katalysoi reaktiota: L-aspartaatti + α-ketoglutaraatti -> oksaaliasetaatti + L-glutamaatti. Reaktiota voidaan jatkaa MDH:n katalysoimana:​ oksaaliasetaatti + NADH + H -> L-malaatti + NAD. Kyvettiin pipetoidaan:​ puskuri + aspartaatti + MDH 2,4 ml, NADH 100 μl ja näyte (1:5 laimennoksella) 200 μl. Reaktio aloitetaan pipetoimalla 300 μl α-ketoglutaraattia. Mitataan A340 ε340(NADH) = 6,22 x 10^3 M^-1 cm^-1. Laske:
 +    * a) ASAT:n entsyymiaktiivisuus (U) näytteessäsi
 +    * b) kokonaisaktiivisuus näytteessäsi
 +    * c) näytteen spesifinen aktiivisuus
 +  - 
 +    * a) Fuusioproteiinin määritelmä
 +    * b) Mihin perustuu IMAC
 +
 +
 +==== 23.5.2005 ====
 +1. 
 +a) Geelisuodatuksen periaatteet ​
 +b) Mitä on huomioitava tehtäessä geelisuodatusta käytännössä?​
 +2. 
 +a) Selitä miten eristät soluorganelleja kudoksesta? ​
 +b) Miten määrität eristettyjen mitokondrioiden puhtautta ja mihin se perustuu?
 +3. Selitä lyhyesti:
 +a) Miten määrität ASAT-aktiivisuuden näytteestäsi? ​
 +b) Mihin perustuu lämpödenaturaatio ja miksi sitä käytetään ASAT:in yhteydessä? ​
 +c) Miksi ennen ioninvaihtoa mitataan ionivahvuus?​
 +4. Fuusioproteiinin määritelmä ja hyödyntäminen molekyylibiologisessa tutkimuksessa?​
 +
 +
 +
 +==== 18.10.2004 ====
 +
 +l.(Työ 5)
 +Vastaa ytimekkäästi seuraaviin kysymyksiin: ​
 +a) Miksi happohydrolysoitu glykopeptidinäyte käsitellään kationinvaihtokromatografialla? ​   ​
 +b) Mihin näytteiden erottuminen paperikromatografiassa perustuu ja miten ne voidaan tunnistaa? ​
 +2. (työ 6)
 +Solutumat on eristetty, ovat ehjiä. Selitä mitä tapahtuu seuraavissa vaiheissa joita
 +tehtiin soluorganellityössä (vaiheet eivät välttämättä samassa järjestyksesssä kuin
 +työssä)
 +a) TCA-saostus ​          
 +b) Rikkihappolisäys ​
 +c) Liuotus RSB/CaCl2 -"​puskuriin
 +3. (työ 7) Kerro lyhyesti
 +a) alfa-ketoglutaraatin
 +b)NADH:n
 +c) ammoniumsulfaatin
 +merkitys ja "​käyttö ASAT-entsyyymin puhdistuksessa ja/tai puhdistuksen seurannassa ​                                                          
 +4. (työ 8)
 +Selosta IMACin periaate (Immobilized metal affinity Chromatography)
 +
 +
 +
 +==== 26.5.2004 ====
 +
 +1. Selitä lyhyesti seuraavien työvaiheiden merkitys glykoproteiinin sokeriosan karakterisoinnissa:​
 +a. Geelisuodatus
 +b. Happohydrolyysi
 +c. Kationinvaihto
 +d. Paperikromatografia
 +2. Mitokondrioiden puhtaus määritetään entsyymireaktiolla,​ jossa mitataan absorbanssia ​ 405 nm ja saanto entsyymireaktiolla,​ jossa mitataan absorbanssia 550 nm. Mitä kyseiset absorbanssit mittaavat, ja mitä reaktiot kertovat mitokondrioiden puhtaudesta ja saannosta?
 +3. Mitä tarkoittaa kytketty määrityssysteemi ja mihin sitä voidaan käyttää?
 +4. IMAC:n teoria ja mahdolliset ongelmakohdat.
 +
 +
 +
 +==== 10.10.2003 ====
 +
 +Vastaa jokaiseen kysymykseen eri paperille!
 +1.   ​lMAC:​n periaate ja suoritus
 +2.   a) Miten mitokondriot voidaan eristää kudoksesta, esim. maksasta ja mitkä tekijät vaikuttavat lopullisen näytteen puhtauteen? Miten mitokondrioiden saanto voidaan määrittää lopullisesta näytteestä?​
 +b) Mitä histonit ovat ja miten ne voidaan eristää tumista?
 +3.   Kerro lyhyesti
 +a) alfa-ketogluiaraatin
 +b)NADH:n "
 +c) ammoniumsulfaatin
 +merkitys ja käyttö ASAT-entsyymin puhdistuksessa ja/tai puhdistuksen seurannassa
 +4.  Vertaile geelisuodatuksen ja ioninvaihtokromatografian periaatteita keskenään
 +
 +
 +
 +==== 27.5.2003 ====
 +
 +1.Työssä käytettiin happohydrolyysiä sidosten katkaisemiseksi. Selitä lyhyesti mitkä sidokset pääpiirtein katkaistaan kun käytetään a) 4M HCI 4 tuntia 100 astetta b) O, l M HCI 45min 100 astetta ja c) 0,1MHC1 30 min 80 astetta.
 +2. Haluat ersistää liuoksesta kokonaiset solut, lysosomit ja mitokondriot toisistaan. Suunnittele koe ja perustele käyttämäsi vaiheet.
 +3. a)Ammoniumsulfaattisaostuksen periaate?
 +b) Miksi ennen saostusta tehdään piloottisaostus?  ​
 +4. Mihin perustuu IMAC?
 +
 +
 +
 +==== 17.10.2002 ====
 +
 +1. Laske oheisen glykoproteiinityön vuokaavion perusteella
 +a) geelisuodatuksen eluutioprosentti ​
 +b) ovalbumiinin heksoosipitoisuus ​
 +c) kationinvaihdon eluutioprosentti ​
 +d) ovalbumiinin heksoosiamiinipitoisuus
 +2. Kerro IMAC:in periaate ja miten sitä käytetään työssä 8.
 +3. Mitä sinun tulee huomioida tehdessäsi ioninvaihtokromatografiaa?​
 +4. Mittaat sytokromi c oksidaasi aktiivisuuksia homogenaatistasi ja loppunäytteestäsi laimennoksella a. Loppunäyte antaa lineaarisesti laskevan käyrän, mutta homogenaatin käyrä on kovera (kulmakerroin laskee). ​
 +a) Pitäisikö homogenaattia vahventaa vai laimentaa? Perustele. ​
 +b) Mikäli lasket homogenaatin kulmakertoimen alku ja loppupisteiden avulla, mikä saantosi on verrattuna todellisuuteen?​ Perustele.
 +
 +
 +
 +==== 29.4.2002 ====
 +
 +la) Miten analysoit differentiaalisentrifugoinilla eristettyjen mitokondrioiden saantoa, jos sinulla on käytettävissä 50-100 uM sytokromi c -liuos? Ib) Mihin tämä analyysi perustuu?
 +2a) Selitä ioninvaihdon periaate.
 +2b) Miksi sokerien karakterisointityössä käytetään vahvaa ioninvaihtajaa?​
 +3) Mihin perustuu erittelevä (fraktioiva) ammoniumsulfaattisaostus?​
 +
 +
 +
 +==== 29.5.2001 ====
 +
 +1. Fuusioproteiinit molekyylibiologiassa
 +2.
 +a) Mitä analyysiä käytetään mitokondrioeristyksen saannon määrittämiseksi?​ Mikä on analyysin idea ja teoreettinen tausta (lyhyesti pääperiaate)? ​
 +b) Mitkä ovat histonien perustoiminnot? ​
 +c) Vapautuuko myös DNA (tai muu kromatiini) solujen tumista kun uutat histoneita rikkihapolla?​
 +3. Miksi käytät paperikromatografiaa sokerityössä ja mihin se perustuu?
 +4. Mittaat fosfoglyseraattikinaasin (PGK) aktiivisuutta 0,5 ml:n näytteestä. PGK katalysoi reaktioita:
 +
 +Glyseraatti-3-fosfaatti (3PG) + ATP -(PGK)-> Glyseraatti-1,​3-difosfaatti (1,3-diPG) +ADP
 +Reaktiota voidaan jatkaa:
 +1,3-diPG + NADH -(GAPDH)->​ Glyseraldehydi-3-fosfaatti (GA3P) + NAD+
 +
 +Kyvettiin pipetoidaan:​
 +puskuri + MgCl2 + 3PG 2,4 ml
 +NADH 30 ul
 +GAPDH 20 ul
 +näyte (1:5 laimennoksena) 250 ul
 +
 +Reaktio aloitetaan pipetoimalla 300 ul ATP:ta.
 +Mitataan A(340nm) 1 min välein 5 min ajan:
 +1 min 0,756
 +2 min 0,702
 +3 min 0,645
 +4 min 0,585
 +5 min 0,525
 +
 +Laske PGK:n entsyymiaktiivisuus (U) näytteessäsi.
 +e340nm(NADH) = 6,22 x 10^3 M^-1 cm^-1
 +[[http://​cvresumewritingservices.org/​|resume writing services]]