Warning: Declaration of action_plugin_captcha::register(&$controller) should be compatible with DokuWiki_Action_Plugin::register(Doku_Event_Handler $controller) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php on line 0

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php:0) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/inc/auth.php on line 549

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php:0) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/inc/actions.php on line 207
biokemian_perustyoet_1b - Tenttiwiki
Tenttiwiki

Biokemian perustyöt 1B

25.5.2011

  1. Käänteisfaasikromatografian käyttö sekä peptidien että hiilihydraattien analytiikassa ja puhdistuksessa.
  2. Band 4.1-proteiinin tiedetään sitoutuvan glykoforiini A:n sytoplasmiseen domeeniin. Suunnittele koejärjestely, jonka avulla voit tutkia glykoforiini A:n ja Band 4.1-proteiinin bälistä vuorovaikutusta membraaniproteiini-työn menetelmiä käyttäen.
  3. Suunnittele mitokondriaalisen ASATin puhdistus maksasta. Miten voit varmistaa puhdistamastasi proteiinista, että se on mitokondiaalista? Mitokonfriaalisen ASATin laskennallinen pI=9,0 ja Mp=44,7kDa

22.5.2008

  1. Selitä lyhyesti miksi työssä 6. käytettiin
    • a) sytokromi c oksidaasimääritystä ja hapanfosfataasimääritystä?
    • b) rikkihappoa
    • c) Trikloorietikkahappoa
    • d) PMSF:a
  2. Sama kuin 24.5.2005 3. tehtävä
  3. Selitä lyhyesti: Geelisuodatuksen periaate ja sovellutukset
  4. (Vuokaavio glykoproteiinin sokeriosan karakterisoinnista)
    Ovalbumiini 102,3 mg
    Entsyymihydrolyysi 7095 µg heksoosia/6 ml
    geelisuodatus heksoosia yht. 6210µg (entsyymihydrolyysistä on otettu mittauksiin 100µl näytettä)
  • a)Laske alkuperäisen glykoproteiinin heksoosipitoisuus (massa%)
  • b)Laske geelisuodatuksessa eluoituneiden heksoosien eluutioprosentti
  • c) Miksi entsyymihydrolyysitehtiin? Vertaile käytettyjen entsyymien kymotrypsiinin ja pronaasin ominaisuuksia hydrolyysissä.

24.5.2005

  1. N- ja O-glykosidisten oligosakkaridien erot
  2. Tay-Sachsin tauti on lysosomaalinen kertymätauti, jossa heksosaminidaasin puute aiheuttaa gangliosidien kertymistä hermosoluihin. Miten eristät lysosomit aivokudoksesta ja testaat puhdistuksen onnistumisen? Mitä menetelmän eri vaiheissa tulee ottaa huomioon?
  3. Mittaat aspartaattiaminotransferaasin (ASAT) aktiivisuutta 4,0 ml:n näytteestä. Näytteen proteiinipitoisuus on 2,3 mg/ml. ASAT katalysoi reaktiota: L-aspartaatti + α-ketoglutaraatti → oksaaliasetaatti + L-glutamaatti. Reaktiota voidaan jatkaa MDH:n katalysoimana: oksaaliasetaatti + NADH + H → L-malaatti + NAD. Kyvettiin pipetoidaan: puskuri + aspartaatti + MDH 2,4 ml, NADH 100 μl ja näyte (1:5 laimennoksella) 200 μl. Reaktio aloitetaan pipetoimalla 300 μl α-ketoglutaraattia. Mitataan A340 ε340(NADH) = 6,22 x 10^3 M^-1 cm^-1. Laske:
    • a) ASAT:n entsyymiaktiivisuus (U) näytteessäsi
    • b) kokonaisaktiivisuus näytteessäsi
    • c) näytteen spesifinen aktiivisuus
    • a) Fuusioproteiinin määritelmä
    • b) Mihin perustuu IMAC

23.5.2005

1. a) Geelisuodatuksen periaatteet b) Mitä on huomioitava tehtäessä geelisuodatusta käytännössä? 2. a) Selitä miten eristät soluorganelleja kudoksesta? b) Miten määrität eristettyjen mitokondrioiden puhtautta ja mihin se perustuu? 3. Selitä lyhyesti: a) Miten määrität ASAT-aktiivisuuden näytteestäsi? b) Mihin perustuu lämpödenaturaatio ja miksi sitä käytetään ASAT:in yhteydessä? c) Miksi ennen ioninvaihtoa mitataan ionivahvuus? 4. Fuusioproteiinin määritelmä ja hyödyntäminen molekyylibiologisessa tutkimuksessa?

18.10.2004

l.(Työ 5) Vastaa ytimekkäästi seuraaviin kysymyksiin: a) Miksi happohydrolysoitu glykopeptidinäyte käsitellään kationinvaihtokromatografialla? b) Mihin näytteiden erottuminen paperikromatografiassa perustuu ja miten ne voidaan tunnistaa? 2. (työ 6) Solutumat on eristetty, ovat ehjiä. Selitä mitä tapahtuu seuraavissa vaiheissa joita tehtiin soluorganellityössä (vaiheet eivät välttämättä samassa järjestyksesssä kuin työssä) a) TCA-saostus b) Rikkihappolisäys c) Liuotus RSB/CaCl2 -“puskuriin 3. (työ 7) Kerro lyhyesti a) alfa-ketoglutaraatin b)NADH:n c) ammoniumsulfaatin merkitys ja “käyttö ASAT-entsyyymin puhdistuksessa ja/tai puhdistuksen seurannassa 4. (työ 8) Selosta IMACin periaate (Immobilized metal affinity Chromatography)

26.5.2004

1. Selitä lyhyesti seuraavien työvaiheiden merkitys glykoproteiinin sokeriosan karakterisoinnissa: a. Geelisuodatus b. Happohydrolyysi c. Kationinvaihto d. Paperikromatografia 2. Mitokondrioiden puhtaus määritetään entsyymireaktiolla, jossa mitataan absorbanssia 405 nm ja saanto entsyymireaktiolla, jossa mitataan absorbanssia 550 nm. Mitä kyseiset absorbanssit mittaavat, ja mitä reaktiot kertovat mitokondrioiden puhtaudesta ja saannosta? 3. Mitä tarkoittaa kytketty määrityssysteemi ja mihin sitä voidaan käyttää? 4. IMAC:n teoria ja mahdolliset ongelmakohdat.

10.10.2003

Vastaa jokaiseen kysymykseen eri paperille! 1. lMAC:n periaate ja suoritus 2. a) Miten mitokondriot voidaan eristää kudoksesta, esim. maksasta ja mitkä tekijät vaikuttavat lopullisen näytteen puhtauteen? Miten mitokondrioiden saanto voidaan määrittää lopullisesta näytteestä? b) Mitä histonit ovat ja miten ne voidaan eristää tumista? 3. Kerro lyhyesti a) alfa-ketogluiaraatin b)NADH:n ” c) ammoniumsulfaatin merkitys ja käyttö ASAT-entsyymin puhdistuksessa ja/tai puhdistuksen seurannassa 4. Vertaile geelisuodatuksen ja ioninvaihtokromatografian periaatteita keskenään

27.5.2003

1.Työssä käytettiin happohydrolyysiä sidosten katkaisemiseksi. Selitä lyhyesti mitkä sidokset pääpiirtein katkaistaan kun käytetään a) 4M HCI 4 tuntia 100 astetta b) O, l M HCI 45min 100 astetta ja c) 0,1MHC1 30 min 80 astetta. 2. Haluat ersistää liuoksesta kokonaiset solut, lysosomit ja mitokondriot toisistaan. Suunnittele koe ja perustele käyttämäsi vaiheet. 3. a)Ammoniumsulfaattisaostuksen periaate? b) Miksi ennen saostusta tehdään piloottisaostus? 4. Mihin perustuu IMAC?

17.10.2002

1. Laske oheisen glykoproteiinityön vuokaavion perusteella a) geelisuodatuksen eluutioprosentti b) ovalbumiinin heksoosipitoisuus c) kationinvaihdon eluutioprosentti d) ovalbumiinin heksoosiamiinipitoisuus 2. Kerro IMAC:in periaate ja miten sitä käytetään työssä 8. 3. Mitä sinun tulee huomioida tehdessäsi ioninvaihtokromatografiaa? 4. Mittaat sytokromi c oksidaasi aktiivisuuksia homogenaatistasi ja loppunäytteestäsi laimennoksella a. Loppunäyte antaa lineaarisesti laskevan käyrän, mutta homogenaatin käyrä on kovera (kulmakerroin laskee). a) Pitäisikö homogenaattia vahventaa vai laimentaa? Perustele. b) Mikäli lasket homogenaatin kulmakertoimen alku ja loppupisteiden avulla, mikä saantosi on verrattuna todellisuuteen? Perustele.

29.4.2002

la) Miten analysoit differentiaalisentrifugoinilla eristettyjen mitokondrioiden saantoa, jos sinulla on käytettävissä 50-100 uM sytokromi c -liuos? Ib) Mihin tämä analyysi perustuu? 2a) Selitä ioninvaihdon periaate. 2b) Miksi sokerien karakterisointityössä käytetään vahvaa ioninvaihtajaa? 3) Mihin perustuu erittelevä (fraktioiva) ammoniumsulfaattisaostus?

29.5.2001

1. Fuusioproteiinit molekyylibiologiassa 2. a) Mitä analyysiä käytetään mitokondrioeristyksen saannon määrittämiseksi? Mikä on analyysin idea ja teoreettinen tausta (lyhyesti pääperiaate)? b) Mitkä ovat histonien perustoiminnot? c) Vapautuuko myös DNA (tai muu kromatiini) solujen tumista kun uutat histoneita rikkihapolla? 3. Miksi käytät paperikromatografiaa sokerityössä ja mihin se perustuu? 4. Mittaat fosfoglyseraattikinaasin (PGK) aktiivisuutta 0,5 ml:n näytteestä. PGK katalysoi reaktioita:

Glyseraatti-3-fosfaatti (3PG) + ATP -(PGK)→ Glyseraatti-1,3-difosfaatti (1,3-diPG) +ADP Reaktiota voidaan jatkaa: 1,3-diPG + NADH -(GAPDH)→ Glyseraldehydi-3-fosfaatti (GA3P) + NAD+

Kyvettiin pipetoidaan: puskuri + MgCl2 + 3PG 2,4 ml NADH 30 ul GAPDH 20 ul näyte (1:5 laimennoksena) 250 ul

Reaktio aloitetaan pipetoimalla 300 ul ATP:ta. Mitataan A(340nm) 1 min välein 5 min ajan: 1 min 0,756 2 min 0,702 3 min 0,645 4 min 0,585 5 min 0,525

Laske PGK:n entsyymiaktiivisuus (U) näytteessäsi. e340nm(NADH) = 6,22 x 10^3 M^-1 cm^-1 resume writing services