Warning: Declaration of action_plugin_captcha::register(&$controller) should be compatible with DokuWiki_Action_Plugin::register(Doku_Event_Handler $controller) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php on line 0

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php:0) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/inc/auth.php on line 549

Warning: Cannot modify header information - headers already sent by (output started at /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php:0) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/inc/actions.php on line 207
biokemian_perustyoet_1a - Tenttiwiki
Tenttiwiki

Biokemian perustyöt 1A

4.4.2011

  1. Sytokromityössä eristettiin sytokromi c:tä (Mw 11 kDa, pI 11) naudan sydämestä. Sydänlihaksen toinen punainen proteiini on myoglobiini (Mw 17 kDa, pI 6,9). Olettaen, että kaikki toimii odotusten mukaisesti, miten nämä proteiinit käyttäytyvät kationinvaihtohartsissa pH:ssa 8? Perustele vastauksesi. Tukevatko oman eristyksesi hartsivaiheessa tekemäsi näköhavainnot vastaustasi? Entä tukeeko alla oleva SDS-PAGE vastaustasi? (Alla kuva geelistä.)
  2. Piirrä entsymaattisen reaktion kuvaajat (Michaelis-Menten ja Lineweaver-Burk). Merkitse kuvaajiin Vmax ja Km, ja kerro sanallisesti mitä ne tarkoittavat. Selitä miten kompetitiivinen inhibiittori vaikuttaa Vmax ja Km-arvoihin.
  3. Ohutkerroskromatografia piihappogeelilevyllä: Menetelmän periaate ja käytännön suoritus.
  4. Vertailet kuvassa olevaa proteiinia Y (vieressä kuva) sekä PDZ-proteiinidomeenia SDS-PAGE-menetelmällä. Ajat kaksi geeliä, joihin molempiin tulee yllä mainittuja proteiineja sekä proteiinistandardi. Geelin 1 proteiininäytteet sisältävät merkaptoetanolia, geelin 2 näytteet eivät sisällä merkaptoetanolia. Geelit värjätään Coomassie Brilliant Blue:lla. Piirrä kuvat värjätyistä geeleistä ja merkitse niihin minkä kokoisia proteiinivyöhykkeitä havaitset. PDZ-proteiinidomeenin aminohapposekvenssi: KIMEI KLIKG PKGLG FSIAG GVGNQ NSIYV TKIIE GGAAH KDGKL QIGDK LLAVN SVGLE EVTHE EAVTA LKNTS DFVYL KVAKP TSMYI HHHHH

Aminohapon keskimääräinen molekyylipaino: 110 Da

13.04.2010

  1. Kurssin aikana puhdistit fuusioproteiinin SAP97 PDZ2 (työ5) IMAC menetelmällä, joka on affiniteettikromatografian muoto
    1. mistä sanoista lyhennelmä IMAC muodostuu?
    2. mihin IMAC-menetelmä perustuu?
    3. Käytettiinkö puhdistuksessa “batch” menetelmää aj mitä se tarkoittaa?
    4. Bonuskysymys: Mitä eluutiomuotoa työssä käytettiin? Vaihtoehdot: gradientti, isokraattinen ja “stepwise”
  2. Piirrä entsymaattisen reaktion kuvaajat (Michaelis-menten ja Lineweaver-Burk). merkitse kuvaajiin Vmax ja KM ja kerro sanallisesti mitä ne tarkoittavat. Selitä miten kompetitiivinen inhibiittori vaikuttaa Vmax - ja KM -arvoihin
  3. Pyöröhaihdutin: rakenne, toiminta ja käyttö.

31.03.2010

  1. Kurssin aikana olet tutustunut SDS-PAGE-menetelmään. Ennen kuin pipetoit proteiininäytteesi geelille analyysiä varten, lisäät näytteeseen näytepuskuria ja kuumennat näytettä +95 C:ssa. Näytepuskuri sisältää natriumdodekyylisulfaattia, bromifenolisinistä, glyserolia ja merkaptoetanolia. Mikä tehtävä näytepuskurin eri komponenteilla on? Mitä tapahtuu näytteelle kuumennettaessa? Mitä tarkoittaa lyhene SDS-PAGE?
  2. Olet käyttänyt geelisuodatus-, affiniteetti- ja ionivaihtokromatografiaa kurssilla. Missä yhteydessä ja tehdäksesi mitä? Mihin perustuu näiden kolmen kromatografian proteiinierotuskyky?
    1. Kloroformi: kloroformin rakenne ja lipidityössä relevantit fysikaaliset ja kemialliset ominaisuudet. Työturvallisuus kloroformin kanssa työskenneltäessä.
    2. Kolesteroli: kolesterolin rakenne ja lipidityössä relevantit fysikaaliset ja kemialliset ominaisuudet. Kolesterolin käyttäminen Florisil-kromatografiassa
  3. Miten määrität kokeellisesti entsyymireaktion maksiminopeuden (Vmax) ja Michaelis-Menten vakion (KM)

5.4.2006

  1. GPA immunoprecipitation:
    1. How do you guarantee the specificity of immunoprecipitation in work 2a?
    2. Why were cell surfaces labelled with biotin?
    1. What is the basis of lipid separation in thin layer chromatography?
    2. Define Rf value and describe how it is used
  2. Explain in detail
    1. Km
    2. Ki
    3. Competitive inhibitor
  3. To get a protein separated from the other proteins of the sample, the purification protocol typically makes use of any characteristic and special properties of the protein of interest. Which properties of cytochrome C did you utilize, and how, during its purification?

20.4.2005

  1. Selitä lyhyesti seuraavien menetelmien periaate ja käyttötarkoitus:
    1. geelisuodatus
    2. ioninvaihtokromatografia
    3. dialyysi
  2. Immunopresipitaation periaate.
    1. Mitä tarkoitetaan absorptio ja mihin spektrin antamaa informaatiota voidaan käyttää sytokromi c:tä puhdistettaessa?
    2. Miten ja miksi teet sytokromi c:tä karakterisoitaessa puhtausmittauksen?
  3. Mitä seuraavat käsitteet tarkoittavat?
    1. Vmax
    2. Km
    3. Ki

18.12.2003

Vastaa kaikkiin kysymyksiin. Kukin vastaus omalle paperille!

  1. Mikä on
    1. Kompetitiivinen inhibiittori
    2. Ki
    1. Selitä ioninvaihdon periaate?
    2. Mikä merkitys CM-selluloosakromatografialla on sytokromi c:n eristyksessä?
    1. Mitä varten Florisil pitää “aktivoida” lämpökaapissa ennen käyttöä lipidien eristyksessä?
    2. Miksi lipidinäytteet asetyloidaan työn yhteydessä?
    3. Tulkitse allaoleva hypoteettinen TLC-tulos Rf-arvojen avulla (eli vertaa standardi- ja tuntemattomien näytteiden Rf -arvoja) ja tunnista näytteet. etax.org.helsinki.fi_varasto_wikiin_20linkatut_20kuvat_1a_18.12_tlc.jpg
  2. Kurssin harjoitustyössä immunopresipitoitiin Triton X-100:lla (Tx-100) käsitellyistä punasolukalvoista glykoforiini A:ta (GPA) käyttämällä GPA-antiseerumia. Liuoksessa muodostuneet immuunikompleksit säestettiin Sepharose-helmillä, joihin oli kiinnitetty proteiini A:ta (PAS-helmet). Kontrollisaostuksessa käytettiin GPA-antiseerumin sijasta preimmuuniseerumia. Kerro lyhyesti:
    1. Missä tarkoituksessa membraanit käsiteltiin Tx-100:lla ennen presipitaatiota?
    2. Mihin perustuu PAS-helmien käyttö immuunikompleksien saostuksessa?
    3. Miten eroavat toisistaan GPA-antiseerumi ja preimmuuniseerumi?

19.5.2003

1. Kurssin harjoitustyössä 2A leimasit punasoluja biotiinilla. Kerro lyhyesti: a) Mihin leimaus perustuu? b) Minkä vuoksi biotiini leimaa vain solukalvon proteiineja? c) Mihin perustuu biotiinileiman havainnointi blottausfiltteriltä avidiini-peroksidaasin avulla? 2. Miten asetyloitujen lipidien deasetylaatio vaikuttaa niiden kulkeutumiseen ohutkerroskromatografiassa? 3. a) Mitä tarkoitetaan absorptiospektrillä ja mihin spektrin antamaa informaatiota voidaan käyttää puhdistettua sytokromi c:tä karakterisoitaessa? b) Miten ja miksi teet sytokromi c:tä karakterisoitaessa puhtausmittausmittauksen? 4. a) Miksi kinetiikatyössä reaktioseoksessa käytettiin 0,1 M sitraattipuskuria pH 4,8 eikä fosfaattipuskuria? b) Mitä tarkoittaa Ki c) Selitä kompetitiivisen inhibiittorin vaikutus Km ja Vmax arvoihin.

13.5.2003

  1. Mitä tarkoittaa ja miten kokeellisesti määrität seuraavat käsitteet:
    • K(M)
    • V(max)
    • K(i)
  2. Miksi lipidit asetyloidaan ja deasetyloidaan Florisil-kromatografian yhteydessä?
  3. Selitä pääpiirteittäin, miten glykoforiini A immunopresipitoidaan leimatuista punasolukalvoista kurssilla käytetyllä menetelmällä.
  4. Sytokromi c:n eristyksessä teit kaksi ioninvaihtokromatografiaa. Selosta lyhyesti
    • mihin perustuu sytokromi c:n sitoutuminen käytettyihin ioninvaihtimiin
    • missä tarkoituksessa hartsia ja missä tarkoituksessa CM-selluloosaa käytettiin puhdistuksessa

16.4.2003

  1. Mitä tarkoittaa ja miten määrität seuraavat käsitteet: a) KM ,b)Vmax c)Kj
  2. Miksi lipidit asetyloidaan ja deasetyloidaan Florisil-kromatografian yhteydessä?
  3. Selitä pääpiirteittäin, miten glykoforiini A immunopresipitoidaan leimatuista punasolukalvoista kurssilla käytetyllä menetelmällä.
  4. Sytokromi c:n eristyksessä teit kaksi ioninvaihtokromatografiaa. Selosta lyhyesti a) mihin perustuu sytokromin c:n sitoutuminen käytettyihin ioninvaihtimiin ja b) missä tarkoituksessa hartsia ja missä tarkoituksessa CM-selluloosaa käytettiin puhdistuksessa.

23.5.2002

  1. Kromatofokusoinnin periaate?
  2. Kurssin harjoitustyössä 2A leimasit punasoluja biotiinilla. Kerro lyhyesti:
    • Mihin leimaus perustuu?
    • Minkä vuoksi biotiini leimaa vain solukalvon proteiineja?
    • Mihin perustuu biotiinileiman havainnointi blottausfiltteriltä avidiini-peroksidaasin avulla?
  3. loninvaihtokromatografian teoria. Millaisen ioninvaihtajan ja eluutio-olosuhteet valitset proteiinille, jonka pI-8 ja joka on stabiili pH-alueella 5-10.
  4. a) Miksi kinetiikkatyössä reaktioseoksessa käytettiin 0,1 M sitraattipuskuria pH 4,8 eikä fosfaattipuskuria?

b) Mitä tarkoittaa Ki?

29.4.2002

    • Ammoniumsulfaattisaostuksen periaate.
    • Miksi sytokromityössä tarvitaan dialyysiä?
  1. Mitä tarkoittavat Km, Ki ja Kcat?
    • Miksi lipidityössä suoritetaan asetylaatioja deasetylaatio?
    • Kuinka nämä reaktiot käytännössä suoritetaan?
  2. Selitä immunopresipitaation periaate glykoforiini-A:n eristyksessä?

29.5.2001

Vastaa lyhyesti ja ytimekkäästi!

  1. Miten valmistat 500 ml 100 mM Tris-HCl - 1 mM EDTA - puskurin, pH 8.0, kun lähtöaineena on Tris (MP=121.1), EDTA (MP=372) ja väkevä 36 % (w/w) suolahappo (MP=36.5), tiheys 1 l = 1.19 kg? pKa Tris:lle on 8,2.
    • Mikä on biotinyloinnin idea työssä 2a ja onko tämä leimaaminen spesifinen jollekin punasolun kalvoproteiinille? / Vad är iden med biotinyleringen i arbete 2a? Är biotinyleringen spesifik for något visst erytrocytmembranprotein?
    • Piirä ja/tai selitä molekyylikompleksi, joka syntyy työ 2a:n immunopresipitaatiossa (siis lopullinen immunopresipitaatti). Mikä on immunosaostuksen idea; yleispätevästi, ei vain tässä työssä? / Beskriv ned bild och/eller i ord sammansättningen hos det proteinkomplex som bildas under immunpresipitationen i arb 2a (alltså det slutliga immunpresipitatet). Vad är iden med immunpresipitation, ALLMÄNT taget, INTE bara i arb. 2a?
    • Mitä tarkoitetaan absorptiospektrillä ja mihin spektrin antamaa informaatiota voidaan käyttää puhdistettua sytokromi c:tä karakterisoitaessa?
    • Miten ja miksi teet sytokromi c:tä karakterisoitaessa puhtausmittauksen?
  2. Selitä seuraavat käsitteet?
    • V(max)
    • K(m)
    • K(i)

18.10.2000

Vastaa jokaiseen kysymykseen omalle paperilleen.

  1. Kuinka kilpaileva inhibiittori vaikuttaa entsymaattisen reaktion maksimaalliseen reaktionopeuteen (Vmax) ja Michaelis-Mentenin vakioon (Km). Perustele vastauksesi.
    • Selitä lyhyesti miten työssä 2A tunnistat spesifisesti glykoforiini A:n. Mainitse mitkä reagenssit ja vaiheet ovat spesifisiä, mitkä yleispäteviä. Kuvien/vuokaavioiden käyttö suositeltava.
    • Miksi kaikki proteiinit liikuvat kohti samaa napaa (mitä napaa?) SDS-PAGE:ssa ja kuinka ne asettuvat geeliin? (Kuva on aina hyvä).
  2. Miksi proteiineja konsentroidaan lyofilisoimalla ja lipidejä rotavaporilla?
  3. Oheisessa kuvassa on esitetty sekä pelkistyneen että hapettuneen sytokromi c:n absorptiospektrit.
    • Selitä käsite absorptiospektri ja kerro niihin spektrin antamaa informaatiota voidaan käyttää puhdistettua sytckromi c:tä karakterisoitaessa?
    • Laske sytokromi c-näytteen konsentraatio, käyttäen seuraavia arvoja, A550= 0,500 (absorbtiviteetti)550= 27,6 mM^-1cm^-1 kun tiedetään, että l ml:n kyvetissä on sytokromi c-näytettä 50 mikrolitraa ja loput vettä.

college essay