Warning: Declaration of action_plugin_captcha::register(&$controller) should be compatible with DokuWiki_Action_Plugin::register(Doku_Event_Handler $controller) in /var/www/fs3/43/helixryf/public_html/tenttiwiki/lib/plugins/captcha/action.php on line 0
bioinformatiikan_perusteiden_luennot_3_op - Tenttiwiki
Tenttiwiki

19.02.2013

Vastaa kaikkiin kysymyksiin

  1. Fylogeneettisen puun aineistoista tehdään bootstrap-analyyis tilastollisen uskottavuuden testaamiseksi. Saatu puu näyttää erilaiselta kuin alkuperäinen. Kumpi puu on “uskottavampi”?
  2. Sinulla on tiedossasi ihmisen YFG1 geenin DNA sekvenssi. Haluat löytää hiiren vastaavan, ortologisen geenin. kerro mitä ohjelmaa käytät ja mitä parametrejä sinun on muutettava ja miksi, jotta saat hakusi kokonaisajan nopeutumaan.
  3. Ohessa on 9 genetiikassa ja genomiikassa yleisesti käytettyä lyhennettä. Mistä termistä lyhyenn on muodostettu. Selitä lisäksi lyhyesti omin sanoin mitä termi tarkoittaa käytännössä.
    1. LOD
    2. CCDS
    3. RNAseq
    4. GWAS
    5. NGS
    6. IBD ja IBS
    7. Hs.
    8. IUPAC
  4. Olet saanut tehtäväksesi paikantaa (mapata) geenialue ja mahdollisesti tunnistaa geeni, jossa oleva mutaatio/polymorfia aiheuttaa ennen tunnistamattomattoman vakavan sairauden ja näyttää periytyvän tässä ihmisen sukupuussa (Kuva 1.) Kuvaa tutkimussuunnitelma metodien valinnasta datan analyysiin (max 1 sivu). Pelkkä listaus ei riitä. Neliöt ovat miehiä, ympyrät naisia. Siniset ovat sairaita ja valkoiset terveitä. Huomioi seuraavat:
    1. minkälaisia menetelmiä on tarjolla tarvittavan datan tuottamiseen ja mikä on kunkin menetelmän tarkoitus
    2. minkälaisia bioinformatiikan analyyejä pitäisi tehdä tautia aiheuttavan genomialueen/genomialueiden/geenien paikantamiseksi
    3. miten tulkitsisit mahdollisa tuloksia
    4. mistä saat tietoa paikantamasi alueen geeneistä

Kuva1.